В отличие от своего предшественника шах Аббас II выселил зороастрийцев из предместьев, а на месте их кварталов построил караван-сарай, бани, свой дворец. При последнем сефевидском шахе Солтан-Хусейне (1694–1722) еще 200 зороастрийских семей были переселены в Исфахан; позже Солтан-Хусейн подписал указ о насильственном обращении зороастрийцев в ислам. Значительная часть зороастрийских семей под страхом смертной казни была вынуждена принять мусульманство, а отказывавшихся пытали и казнили. Храмы и алтари зороастрийцев были разрушены. Уцелели лишь немногие зороастрийцы.
Всегда опасаясь того, что их религия может подвергнуться осмеянию и оскорблению, зороастрийцы старались не допускать иноверцев, в том числе и христиан, быть свидетелями их обрядов и молитв. Священный алтарь огня был скрыт в особом помещении храма, которое не имело окон. Туда вела низкая дверь, в которую мог входить только священнослужитель. Верующие были отделены от алтаря огня и видели отсвет его пламени через перегородку.
Несмотря на тяжелые испытания, выпавшие на долю зороастрийцев, они продолжали верить в приход Саошьянта («Спасителя мира»). В одном из ривайатов 1626 г., посланных зороастрийцами парсам в Индию, говорилось:
«Тысячелетие Ахримана кончается, начинается тысячелетие Ормузда, и мы воочию увидим блистательный лик царя Победы и наступление благоденствия».
В начале XVI в. произошли заметные перемены к лучшему в положении парсов Индии. Образование империи Великих Моголов на месте распавшегося Делийского султаната и особенно приход к власти Акбара сопровождались проведением реформ, в том числе и религиозной. Она преследовала цель несколько ослабить гнет ислама над иноверцами и тем самым расширить и упрочить социальную базу власти Великих Моголов. Был отменен налог джизья, священнослужителям других религий начали давать небольшие земельные наделы; была предоставлена большая свобода религиозного вероисповедания. Сопротивление мусульманских сановников-суннитов новому курсу политики Акбара в области религии привело к тому, что он начал отходить от ортодоксального ислама, заинтересовавшись верованиями парсов, индусов, христиан.
В 1573 г. Акбар обратился к священнослужителям-парсам Сурата с просьбой объяснить ему основные принципы их веры. С этой целью ко двору Акбара из Навсари прибыл ученый-богослов парс Махерджи Рана. В 1575 г. Акбар построил молитвенный дом, в котором в 1578 г. произошли диспуты и острая дискуссия между представителями разных религий, в том числе и зороастрийской. В них принимал участие и Махерджи Рана, потомки которого стали великими дастурами. Несколько позже Акбар просил иранского шаха Аббаса прислать к нему зороастрийского ученого-богослова для оказания помощи в составлении персидского словаря. В 1597 г. к нему прибыл из Кермана дастур Ардашир Нуширван.