16 мая 1937 г. был арестован Г.И, Бокий — хранитель гос. тайны и тайный собиратель компромата на советских вождей. Уже на первых двух допросах 17 и 18 мая Глеб Иванович «покаялся» следователям — заместителю наркома внутренних дел, комиссару гос. безопасности 2-го ранга Вельскому и старшему лейтенанту Али Кутебарову — в своих прегрешениях. Сообщил о созданной им еще в 1921 г. из сотрудников спецотдела «Дачной коммуне», а также об организованной в 1925 г. вместе с Барченко масонской ложе. «Органы» отреагировали на последнее заявление Бокия серией арестов — один за другим с небольшими интервалами под стражу были взяты А,В, Барченко (22 мая) и другие бывшие члены ЕТБ в Ленинграде и Москве — Л.Н. Щишелова-Маркова (26 мая), А,А. Кондиайн (7 июня), К.Ф. Шварц (2 июля), В.Н. Ковалев (8 июля). Та же участь постигла и наиболее высокопоставленных «учеников» А,В. Барченко, входивших в московскую группу — И.М. Москвина и Б.С. Стомонякова, хотя их арестовали и не в связи с «делом Барченко».
Обвинительная формула Барченко звучала совершенно стандартно: создание «масонской контрреволюционной террористической организации Единое трудовое братство» и шпионаж в пользу Англии. Что касается Кондиайна, то его обвинили в том, что он являлся участником «контрреволюционной фашистско-масонской шпионской организации и одним из руководителей ленинградского отделения ордена розенкрейцеров, связанного с заграничным центром масонской организации «Шамбала», Интересно отметить, что следователи присвоили московскому кружку Барченко особое название — «Шамбала-Дюнхор», что, по-видимому, должно было говорить о маскировке А.В. Барченко своей «шпионской» работы «лженаучной деятельностью».
Для обвинения Барченко и его «сообщников» руководство НКВД разработало следующую легенду. На территории одного из восточных протекторатов Англии — какого именно, в деле не указывалось, — существует некий религиозно-политический центр «Шамбала-Дюнхор», Этот центр имеет широко разветвленную сеть филиалов или ячеек во многих азиатских странах, а также в самом СССР. Его основная задача состоит в том, чтобы подчинить своему влиянию высшее советское руководство, заставить его проводить угодную центру (вернее, Англии) политику. С этой целью Барченко и участники созданного им «филиала» восточного центра пытались получить доступ к советским руководящим работникам. В то же время организация «Шамбала-Дюнхор», являясь шпионско-террористической, активно занималась сбором секретных сведений и подготовкой терактов — против тех же самых советских руководителей! Следуя этой легенде, следователи НКВД без особого труда квалифицировали как акт шпионажа получение А.А. Кондиайном от проф. Л.Г, Данилова работы о волновой природе погоды с последующей ее переправкой за границу. (В протоколе допроса Кондиайна читаем: «Эта работа имеет большое оборонное значение, т. к. вскрывает возможность указывать направление ветра и могла быть использована для военных целей — полета аэропланов, газовых атак»,)