Антибуддийские настроения в стране усилились в начале 1930-х, после ряда вооруженных — «ламско-кулацких» — выступлений в Бурятии и оккупации японцами Маньчжурии. Усилиями советской пропаганды Шамбала отныне окончательно превращается в символ крайней агрессивности, воинственности буддийского мира, прежде всего Японии. Но даже если бы международная ситуация была более благоприятной в это время, Барченко, по правде говоря, едва ли бы удалось убедить в величайшей ценности буддийского тантризма (Древней науки Дюнхор) таких ортодоксов марксизма, как Сталин, Молотов и Ворошилов. Рассчитывать на это мог только идеалист, не понимавший истинной сущности советской системы.
В 1937–1938 гг. в Бурятии и Калмыкии были закрыты («ликвидированы») последние буддийские монастыри. Советская пресса в эти годы гневно бичевала буддийских монахов за их проповедь учения о «шамбаланцерык» — войне Шамбалы. «Эта проповедь явно свидетельствует о связи ламства с фашизмом», — вещал журнал «Антирелигиозник».
«Во время поездки агента японской разведки Банчен-Богдо (панчен-ламы — А.А.) в Маньчжурию ламы распространили слух, что эта поездка связана с организацией «земных войск Шамбалы» и т. п. Интервенцию, которую готовит японский фашизм против СССР, ламы объявили «священной войной» небесных сил против еретиков и безбожников, в первую очередь против русских. Учение «шамбала» является орудием контрреволюционно-пораженческой агитации в пользу японского фашизма и разжигания националистических настроений среди верующих».[348]
9 сентября 1937 г, Военная коллегия Верховного Суда СССР приговорила А.А. Кондиайна по ст. 58 п, 6,8 и 11 УК РСФСР к ВМН — расстрелу с полной конфискацией имущества. В последнем слове обвиняемый произнес вымученную фразу о том, как ему тяжело сознавать, что он был «втянут в контрреволюционную организацию и самые лучшие годы своей жизни лил на мельницу своего врага». Приговор был приведен в исполнение в тот же день, Участь Кондиайна разделили и другие члены организации Шамбала-Дюнхор — К.Ф. Шварц (расстрелян в сентябре 37-го), В.Н. Королев (26 декабря), Л.H. Шишелова-Маркова (30 декабря), Г.И. Бокий (15 ноября 1937), И.М, Москвин (21 ноября 1937). Судьба А.В. Барченко решилась несколько позднее — 25 апреля 1938 та же Военная коллегия под председательством В.В. Ульриха вынесла ему смертный приговор, на основании тех же трех пунктов 58-й «людоедской статьи» (по меткому определению С.А. Барченко) — шпионаж (п. 6), террор (п. 8) и принадлежность к организации (п. 11).
Репрессий не избежали и жены «врагов народа» — Э.М. Кондиайн была арестована через 10 дней после гибели мужа и осуждена постановлением «тройки» (особого совещания) на 8 лет лагерей, Тот же срок 23 июля 1938 получила и О.П. Барченко (отбывала в Акмолинском лагере жен изменников родины).