В 1898 году на шахте «Иван», спустя несколько дней после назначения туда Б.И. Бокия, произошёл сильный взрыв газа, в результате которого погибло 78 человек. Из этого печального события Б.И. Бокий сделал вывод о том, что надо, не жалея сил и энергии, искать пути, предотвращающие подобные катастрофы; что надо подвести научную базу под горное дело и сделать его, опираясь на достижения науки, более безопасным.
В связи с выяснением причины взрыва на шахте «Иван», возник вопрос о целесообразности проветривания выработок с помощью нескольких одновременно действующих вентиляторов. Бокий усиленно занимается этим вопросом, результатом чего явилась его работа, опубликованная в «Горном журнале» в 1903 году: «Вентилирование выработок при помощи нескольких одновременно действующих вентиляторов».
С 1903 года Б.И. Бокий систематически занимается не только вопросами проветривания, но и всем комплексом вопросов, связанных с техникой безопасности. Соприкасаясь в течение многих лет с тяжёлыми условиями труда шахтёров, он настойчиво говорил в своих статьях и выступлениях о необходимости улучшить положение русских горнорабочих. В 1908 году он участвовал в расследовании крупной катастрофы, в результате которой на одной из шахт близ Юзовки погибло 274 человека.
Свой доклад о взрыве на шахте Б.И. Бокий превратил в гневное обвинение порядков, существовавших тогда в горной промышленности Донбасса. В 1912 году большевистская газета «Звезда» цитировала этот документ в статье о бесправном положении шахтёров при капитализме. В практической деятельности на рудниках Б.И. Бокий проявил себя как исключительно талантливый инженер.
Характерной чертой Б.И. Бокия являлось постоянное стремление давать более совершенные решения всех производственных вопросов, с которыми приходилось сталкиваться на шахтах. Ярким примером может являться работа Бокия на шахте № 30 Рутченковского каменноугольного общества в 1904 году. Подъём на этой шахте производился с двух горизонтов.
Подъёмные канаты то удлинялись, то укорачивались при посредстве холостого барабана на валу машины в зависимости от того, с какого горизонта необходимо было поднимать груз. В 12-часовую смену на эту манипуляцию требовалось затрачивать 2–3 часа времени. Б.И. Бокий увеличил радиус навивки одной из бобин, установил подъём одной клетью постоянно с одного горизонта, а другой — с другого, тем самым исключив необходимость переключений и резко увеличив чистое время работы подъёма.
Поступив в 1905 году управляющим Кадиевского рудника Днепровского общества, Б.И. Бокий приводит этот большой, но запущенный рудник в блестящее состояние. На капитальной шахте № 1/2 в момент прихода Бокия работали, например, из-за неналаженности вентиляции только на двух пластах. Уже через год работы были развёрнуты на всех шести пластах. К моменту, когда Б.И. Бокий начал свою работу в Донбассе, разработка угольных пластов велась исключительно столбовыми системами.