При помощи специальных выработок нарезались столбы угля, а затем эти столбы вынимались. Часто при разработке маломощных пластов приходилось подготовительные выработки проводить не только по углю, но и подрывать пустую породу в кровле или почве выработки. Эту породу выдавали на поверхность. Нарезка столбов при несовершенной технике проходки подготовительных выработок того периода требовала времени и задерживала развёртывание очистных работ, а уголь извлекался с большими потерями.
Б.И. Бокий изменил системы разработки и перешёл от столбовых к так называемым сплошным системам, при которых не требовалось больших предварительных нарезок подготовительных выработок. Для того времени это означало целую революцию в ведении горных работ. При сплошных системах были не только сведены к минимуму подготовительные работы, но и подрываемая пустая порода уже не выдавалась на поверхность, а размещалась в выработанном пространстве. Сплошная система позволяла сократить потери угля в недрах.
Практическая и теоретическая работа Бориса Ивановича Бокия создала ему славу одного из самых передовых горных инженеров. В 1906 году он получает приглашение Петербургского горного института выставить свою кандидатуру на заведование кафедрой горного искусства. Приняв это предложение, Б.И. Бокий 24 сентября 1906 года блестяще защитил свою первую крупную научную работу «Выбор системы работ при разработке свиты пластов», представленную в качестве диссертации.
Получив квалификацию адъюнктпрофессора, Б.И. Бокий прочитал первые лекции на темы: «Бремсберги, их устройство и действие», «Антрацитовая мельница Кадиевского рудника». Уже на этих лекциях определились педагогические способности Б.И. Бокия. В 1907 году он окончательно переезжает в Петербург. В течение года Борис Иванович снискал себе любовь и уважение студентов, увлекая их своими лекциями.
Через год, в 1908 году, он избирается на должность экстраординарного, а затем в 1914 году ординарного профессора института. В эти годы Б.И. Бокий читает основной курс горного искусства и руководит дипломным проектированием студентов горной специальности.
Ведя большую педагогическую и научную работу, Б.И. Бокий занимал также должность учёного секретаря Совета института, а с 1910 года — инспектора, на которой был вплоть до 1914 года. Но после обыска в студенческой столовой он был «освобождён» от обязанностей инспектора, «согласно прошения», которого он никогда не подавал. Работа в институте не порвала его связи с производством.
Б.И. Бокий часто выезжает на горные предприятия для консультаций, экспертиз, обследований и т. д.: в 1908 году в Донецкий бассейн для исследования взрыва рудничного газа, в 19Ю году в Галицию и Румынию для ознакомления с разработкой озокерита и нефти, в 1913 году в Домбровский бассейн и за границу. Кроме того, он уделяет много времени, особенно после Октябрьской революции, работе в разных высших государственных горных научно-технических учреждениях.