Девятого января 1905 года по городу с утра пошли невнятные, но тревожные слухи. Менделеев, уже давно никуда не ездивший, в 12 часов дня, несмотря на уговоры семьи и сотрудников, сел в наемную карету (Михайла Тропников занял место рядом с кучером) и отправился к Витте, который накануне прислал ему записку с просьбой прибыть к нему домой на Василеостровский проспект в два часа дня. Едва он отъехал, как стало известно о случившемся на Дворцовой площади. Улица возле Главной палаты скоро оказалась заполнена народом, войсками и казаками. Протиснуться дальше ворот было невозможно, к тому же ходьба по мостовой была запрещена. Домашние Менделеева выглядывали за ограду, ждали, что увидят возвращающегося Дмитрия Ивановича. Тот вернулся через пять-шесть часов в крайне расстроенном и раздраженном состоянии. Ни с кем не разговаривая, прошел в свой кабинет, снял со стены портрет министра финансов, поставил его лицом к стене и громко сказал: «Никогда не напоминайте мне о Витте!» Между тем Младенцев расспрашивал о случившемся Тропникова. Тот рассказал: «Доехали мы до Троицкого моста. Дальше нас не пустили. Дмитрий Иванович вышел из кареты и пешком дошел до дома Витте. Обратно также. Сел в карету и по набережной — к Николаевскому мосту, через него и к Горному институту — к Д. П. Коновалову. Обратно через Николаевский мост не пустили. Поехали через Неву по льду к Балтийскому заводу, где благодаря знакомству были пропущены на Рижский проспект и в Палату».
Что за разговор состоялся между Витте и Менделеевым в день, именуемый в советских календарях Кровавым воскресеньем, так и осталось неизвестным. Рассорились они не навсегда. Менделеев еще пойдет на торжественную встречу Сергея Юльевича после подписания Портсмутского мира — Витте будут чествовать за твердость в защите российских интересов. Они будут обсуждать еще много важных вопросов, включая проект Училища наставников, который Витте поддержит. Но портрет бывшего министра финансов (вскоре ставшего премьером) уже не вернется на стену менделеевского кабинета.
Через полторы недели Анна Ивановна, активно сотрудничавшая в благотворительном кружке, на четыре месяца уедет в Верхнеудинск работать в «питательном пункте» для солдат.
Менделеев вначале категорически запретил ей покидать дом, но потом смирился и отпустил «не далее Иркутска». Дети были уже взрослыми и, казалось, могли сами о себе позаботиться. Но время было опасное, и беда таилась в любой подворотне. Студенческий мундир мог стать причиной ареста или нападения уличных погромщиков. Проезжий казак мог отстегать встречного студента нагайкой. Поэтому сына Ивана переодели в штатский костюм. Сам Дмитрий Иванович был оставлен на попечении прислуги Екатерины Комиссаровой и конечно же Михайлы Тропникова, уже женившегося, но отдававшего всё свое время старому хозяину.