Лекция о Гельмгольце находит живейший отклик у передовой русской общественности.
Чутко прислушивается Столетов, почти что изгнанный из университета, и к общественным событиям, происходящим в среде студенчества.
Начало девяностых годов ознаменовалось оживлением революционного движения. В университете начинают возникать уже не народовольческие, а марксистские кружки. Студенты устанавливают связи с рабочими, ведут борьбу против народников.
Осенью 1894 года в университете происходят студенческие волнения. Вскоре после того, как в Ливадии скончался Александр III, университетское начальство поручило профессору В. О. Ключевскому произнести надгробную речь.
В конце лекции, когда историк стал прославлять умершего императора, в аудитории раздались свистки. Передовое студенчество с негодованием встретило эту часть речи Ключевского. Университетское начальство всполошилось. О происшествии на лекции Ключевского было сообщено полиции. В университетских коридорах замелькали фигуры сыщиков и жандармов; стали производиться расследования. 47 студентов были исключены из университета. Мало того, исключенные студенты были высланы из Москвы. В число высланных попали даже те студенты, которых не было на лекции Ключевского: начальство, воспользовавшись историей, происшедшей на лекции, постаралось очистить университет от неугодных ему элементов.
Прогрессивные деятели университета, лучшие профессора, предприняли попытку убедить университетское начальство смягчить участь пострадавших. Деятельное участие в этих хлопотах принял и Александр Григорьевич Столетов. Но все попытки оказались безуспешными. Начальство наотрез отказалось смягчить меры наказания для студентов.
Тогда великому князю Сергею Александровичу — московскому генерал-губернатору — была направлена петиция.
Эту петицию подписали 42 профессора, в числе которых были К. А. Тимирязев, А. Г. Столетов, В. В. Марковников.
Попечитель учебного округа, уже известный нам граф Капнист, с негодованием узнал об отправке петиции великому князю. Всем подписавшим петицию был объявлен выговор. Обрушившись против участников коллективного письма, раздосадованный Капнисг особенно резкое обвинение предъявил Столетову, объявив его зачинщиком всей истории с подачей петиции. Столетов сделал подробный разбор всех обвинений, предъявленных попечителем участникам петиции. Этот разбор подписали все 42 профессора и направили его министру. Тем временем реакционные профессора стали распускать слухи, что Столетов не только зачинщик подачи петиции, но что он виновен и в подстрекательстве студентов к выступлению.