Вскоре же после этого в профессорском кабинете разыгралась возмутительнейшая сцена. Рассказ об этой сцене сохранил профессор А. К. Тимирязев, слышавший о ней от своего отца. Один из наиболее реакционно настроенных профессоров — граф Л. А. Камаровский, рассказывая о своей последней беседе с министром просвещения, заявил: «Ну, господа, теперь все мы можем быть вполне спокойны, никаких студенческих беспорядков больше не будет. Министр мне сказал, что при первой же попытке вот этот молодчик, — при этом Камаровский кивнул в сторону Столетова, — вылетит вон из университета».
В такой обстановке приходилось жить великому физику.
Здоровье Столетова становится все хуже. Все чаще навещают его болезни. Ночной кашель по целым зимам не оставляет его, мучает изнурительная бессонница, от времени до времени беспокоят боли в верхней челюсти. Ему все труднее выходить из дому. В 56 лет он, выходец из рода, не случайно носившего фамилию Столетовых, становится в результате непрерывной травли больным стариком. Он все более и более замыкается.
«В 1895 году, — вспоминал А. П. Соколов, — Александр Григорьевич особенно много занимается по вечерам чтением художественной литературы. До самых последних дней своей жизни он интересуется новостями отечественной и иностранной литературы. В последнее время чаще всего он засиживался за «Отверженными» В. Гюго и еще более за книгой А. В. Никитенко «Записки и дневник. Моя повесть о самом себе и о том, чему свидетель в жизни был». Этот откровенный рассказ профессора и академика, человека, бесспорно, весьма талантливого, мало-помалу впавшего в глубокий пессимизм и к концу жизни горько сознавшегося в бесполезности своей трудовой жизни, очевидно, лучше всего гармонировал с удрученным настроением самого Александра Григорьевича, испытавшего тоже тяжелое разочарование под конец своей тридцатилетней деятельности. Это чтение, которому он обыкновенно предавался на ночь, доставляло ему, как он сам выражался, «душевное успокоение».
«Какая-то печать гнетущего, глубоко затаенного нравственного страдания легла на все последние годы его жизни, — писал К. А. Тимирязев, — как будто перед ним вечно стоял вопрос: почему же это везде, на чужбине и в среде посторонних русских ученых, встречал он уважение и горячее признание своих заслуг и только там, где, казалось, имел право на признательство, там, где плоды его деятельности были у всех на виду, ему приходилось сталкиваться с неблагодарностью, мелкими уколами самолюбия, оскорблениями. Но он еще крепился, пытаясь стать выше «позора мелочных обид».