Постепенно африканцы, овладели мореходными навыками и стали приходить на остров сами. Анталаотра, без сомнения, привезли их с собой в качестве рабов; множество из них бежало и образовало независимые общины.
По свидетельству Луиса Мариано, в начале XVII в. часть населения западного берега, в окрестностях нынешнего Майнтирану, еще говорила на «кафрском» языке. Изменение индонезийского языка путем огласовки конечных согласных в других местах еще только зарождалось; в этом можно видеть африканское влияние.
В 1500 г., два года спустя после плавания Васко да Гамы, когда другая португальская эскадра огибала мыс Доброй Надежды, буря разбросала корабли; один из них был занесен далеко на восток. Капитан судна Диегу Диаш, пытаясь вернуться назад, к Африке, увидел берег, вдоль которого он шел на север, пока тот не исчез. Так он открыл Большой остров.
До тех пор Мадагаскар, по-видимому, был неизвестен в Европе. Географ из Александрии Птолемей помещал приблизительно в этих широтах остров Менутиас, не сообщая о нем больше никаких сведений. Тысячелетие спустя Марко Поло описал в числе стран, рассказы о которых, он слышал в Азии, большой остров «Мадей-гаскар», или «Могелазию», который, судя по его положению и самому описанию, был, вероятно, сомалийским побережьем (Могадишо). Но в 1492 г. Мартин Бехайм поместил на своем знаменитом глобусе на широте Африки к югу от экватора два больших острова: Мадагаскар и Занзибар.
Положение Занзибара было известно. Поэтому остров, открытый Диегу Диашем, стали называть Мадагаскаром. Это название привилось, хотя впоследствии португальцы назвали его островом Святого Лаврентия, а французы – островом Дофина. Для обозначения всех его жителей несколько позднее стали пользоваться словами «мадекасс» или «мальгаш» (малагаси).
До этого времени Мадагаскар оставался в стороне от остального мира.
Открытие пути в Индию через мыс Доброй Надежды поставило его в центре этого торгового пути. С тех пор европейцы стали часто посещать его берега.
Португальцы разрушили «арабские» фактории на северо-западе острова, конкурировавшие с ними. Берега острова были обследованы, и в 1517 г. имелась уже довольно хорошая карта.
Первые попытки укрепиться на юго-востоке португальцам не удались. С 1613 по 1619 г. были предприняты новые попытки, сначала среди антануси, затем на западе. Хотя один вождь антануси был доставлен в Гоа и крещен там, все это предприятие потерпело полный провал. Преподобный Луис Мариано, принимавший участие во всех этих событиях, оставил подробный рассказ, снабдив его полезными заметками о стране и о ее жителях.