Центральным и наиболее напряженным на встрече стало обсуждение германского вопроса. Хрущев в свойственной ему наступательной манере изложил свои мысли по урегулированию этого вопроса. По существу, советский премьер поставил Кеннеди перед выбором: или совместно подписать соглашение, признающее существование двух Германий (ФРГ и ГДР), или он, Хрущев, должен будет подписать сепаратный договор с Восточной Германией не позже декабря, после чего, оккупационные права западных держав в Берлине и свободный доступ к городу „перестанут существовать". Западный Берлин как самостоятельное образование может существовать как и раньше, но его коммуникации с внешним миром будут контролироваться восточными немцами. Никакие задержки в осуществлении этих мер не будут допускаться.
Любые попытки со стороны Запада вмешаться в их осуществление, с горячностью заявил он по ходу дискуссии, могут тогда привести даже к войне.
Как рассказывали впоследствии американские участники этой встречи, президента Кеннеди все это встревожило. У него сложилось мнение, что длительный кризис в отношениях с Хрущевым из-за германской проблемы неминуем.
Надо сказать, что упоминание Хрущевым о возможной войне ставило целью убедить Кеннеди в серьезности положения и необходимости решения проблемы на предлагаемых Хрущевым путях. В действительности же, когда все эти вопросы обсуждались на заседании Политбюро (тогда оно называлось Президиумом) в преддверии венской встречи, никто и не помышлял о военной конфронтации с США. Это исключалось. Речь шла лишь об оказании нажима на Кеннеди. Хрущев тут явно блефовал (сознательно или эмоционально — трудно сказать). Но должен прямо сказать: Хрущев опасался войны и, разумеется, совсем не рассматривал такую альтернативу из-за германских дел.
Кеннеди признал, что положение в Западном Берлине и Германии в целом является ненормальным, однако, сказал он, время для предлагаемых изменений не наступило. Он призвал Хрущева „не нарушать нынешнее равновесие сил". Президент предлагал отложить рассмотрение германского вопроса. Хрущев же продолжал настаивать на своем, говоря, что решение СССР подписать не позже декабря мирный договор с ГДР с вытекающими из этого последствиями принято и никакие угрозы со стороны США его не остановят.
Короче, когда они разъехались, вопрос этот превратился в тлеющий бикфордов шнур. Кеннеди, уверенный в серьезности угроз Хрущева, стал готовиться к военным контрмерам. Хрущев же продолжал занимать достаточно жесткую позицию, не переступая, впрочем, опасной черты. Переговоры по германскому вопросу и Западному Берлину велись напряженно, и напряженность вокруг этих вопросов сохранилась на долгие месяцы.