Через двадцать пять кошмарных лет наконец-то были предприняты некоторые шаги, которые позволяли народу, притесняемому на собственной территории, осуществить свое право на самоопределение, поддержанное Советом Безопасности ООН и Международным судом в Гааге. В августе 1999 года индонезийские власти согласились не препятствовать референдуму, в рамках которого тиморцы могли выбрать или отклонить свою «автономию» внутри Индонезии. Все стороны понимали, что, если обеспечить хотя бы минимальную свободу голосования, то победу одержат силы, выступающие за независимость. Оккупационная индонезийская армия (ABRI/TNI) тотчас поспешила воспрепятствовать такому исходу. Сначала было решено создать вооруженные формирования, которые будут убивать, пытать и запугивать непокорных, в то время как армия обеспечит «правдоподобные опровержения», однако, этот план оказалось невозможным осуществить из-за присутствия международных наблюдателей (в том числе австралийских журналистов, ирландского министра иностранных дел, работников служб гуманитарной помощи и т. д.), которые могли видеть собственными глазами, как ABRI вооружает и обучает убийц, предоставляя им полную свободу действий.
В одном только апреле 1999 года сообщалось о более чем сотне жертв кровавой бойни, — т. е. более чем вдвое большем количестве по сравнению с Рачаком, около 60 человек из них были убиты 6 апреля в церкви г. Ликиса согласно данным, предоставленным Фондом юридических и человеческих прав в столице Тимора Дили и включающим список имен погибших. Эти люди были одними из тысяч несчастных, спасавшихся от ужасов террора, они, наконец, нашли себе приют в церкви, на которую вскоре напали солдаты и бойцы вооруженных формирований, имевшие целью «убить всех находившихся в церкви людей», как писал в местном журнале один приходской священник.
Еще восемнадцать человек были убиты в промежутке с 9 по 14 апреля в городе Суэй, где, кроме того, десять человек подверглись пыткам и девять бесследно исчезли, — согласно Комиссии мира и справедливости, функционирующей на базе церкви. Церковные, правозащитные и женские организации сообщали о сотнях людей, убитых и раненых во время этих атак. После того, как сельские жители «двадцать четвертого апреля вытащили разбухшие трупы из океана, сотрудники правозащитных организаций предположили, что потери убитыми в одной только суэйской резне могут достигнуть 100 человек». Еще через несколько дней нападения повстанцев в Дили привели к «гибели как минимум 30 человек» (16–17 апреля), вдобавок к «десяткам похищенных и, возможно, казненных», как информировало австралийское печатное издание, снабдившее этот материал подзаголовком «Свобода, утопленная в крови». Еще тысячи были отправлены в индонезийские концентрационные лагеря, из них около 10 000 — в лагерь на окраине Ликвики, условия жизни в котором, по разным сообщениям, были ужасными и унизительными. Десятки тысяч других в панике бежали в окрестные деревни. Персонал дилийского отделения католической Службы милосердия «Каритас» был предупрежден о том, что если он попытается снабжать беженцев продовольствием, то на него также будут совершены нападения. В феврале пришлось спасаться от террора и сотрудникам австралийских служб гуманитарной помощи. Американский врач Дэн Мерфи, добровольно приехавший в Дили (и через несколько недель вынужденный покинуть страну), указывал, что от пятидесяти до ста тиморцев каждый день погибали от вполне излечимых болезней, а Индонезия в это время «намеренно проводила политику, исключающую поставки медикаментов на Восточный Тимор». Как и в начале июня, индонезийские власти по-прежнему препятствовали въезду в страну группы медиков из Австралии, которые надеялись «смягчить наступающую гуманитарную катастрофу»