Армейская авиация. Дивизии фронтовой авиации находились в оперативном подчинении командования общевойсковых армий с целью лучшего взаимодействия.
Войсковая авиация — авиаэскадрильи армейских корпусов — 2,3 %.
Авиация ПВО в составе сорока истребительных авиаполков и общим числом самолетов 1500 дислоцировалась в пяти зонах: Северной, Северо-Западной, Западной, Киевской и Южной.
Главное управление ВВС и его штаб осуществляли лишь методическое руководство и информационное обеспечение, поддерживали связь со штабами ВВС округов, готовили проекты приказов и донесения в Генеральный штаб, инспектировали авиационные дивизии и полки. За два месяца до начала войны производится замена и начальника Главного управления ВВС, и начальника штаба ВВС.
Несмотря на интенсивную разведывательную работу немецкой авиации в приграничных округах и грозные приказы из Москвы, боеготовность отдельных полков по отражению внезапного удара была очень низкой. Многие аэродромы не имели зенитного прикрытия, эффективной системы оповещения и связи. Освоение новых типов самолетов летным составом проходило прямо на приграничных аэродромах, куда новые самолеты перегонялись с заводов. Пока летчики осваивали новые самолеты, старые скапливались на запасных стоянках. На некоторых приграничных аэродромах стройными рядами красовались сто и более боевых самолетов. Экипажей у них не было, и они стали легкой добычей врага
Наркомат обороны разработал постановление «О реорганизации авиационных сил Красной Армии», и Сталин 25 февраля 1941 года подписал его. Оно предусматривало переброску в приграничные округа дополнительно значительного числа самолетов, в том числе и новейших, реконструкцию аэродромной сети приграничных округов (частично она была выведена из строя, и самолеты заморожены на земле в самый опасный период) и реорганизацию авиационного тыла (что внесло полную сумятицу в снабжение и обслуживание летных частей после нападения).
Только весной силами заключенных и под руководством НКВД начались работы по строительству и удлинению взлетно-посадочных полос одновременно на 250 аэродромах. Было сформировано сто новых аэродромно-строительных батальонов. В конце марта 25 тысяч рабочих были переброшены со строительства дорог на Реконструкцию аэродромов. С апреля 1941 года в западных частях Украины и Белоруссии, а также в Литве, Латвии и Эстонии были построены 164 аэродрома. Но пока бетонировались и удлинялись взлетные полосы на действующих аэродромах, строились новые подземные хранилища бензина, склады для боеприпасов и аэродромные пункты управления — полеты приостанавливались или ограничивались.