Но при своих блестящих природных дарованиях Никон, в то же время, по общему характеру строя всей своей умственной жизни, по приемам и способу своего мышления, по основам своего общего миросозерцания, по пониманию православия и благочестия, по своей малой способности вращаться в сфере высших христианских истин и знаний, был настоящим сыном своего времени, и в этом отношении ничем существенно и коренным образом не разнился от своих друзей, а потом врагов — Неронова, Аввакума и др. Он даже, как и они, был такой же и сновидец и целитель и чудотворец. В существе дела Никон — реформатор оставался тем же типичным старым московским начетчиком, подчас очень односторонним и узким в деле понимание веры и благочестие, как и его противники. Как и у них его мысль и благочестие были прикованы по преимуществу к внешней стороне религии: к ее обряду, к тому или другому церковному чину и обычаю, почему и его благочестие обязательно и неразрывно соединялось у него только с определенной внешней известной формой выражения, — изменение этой формы являлось в его понимании изменением самого существа благочестия. Ему, как и всеми тогдашним начетчикам, недоставало, при их выдающихся природных дарованиях, самого главного: систематического правильного обучения, научных знаний, уменья изучить предмет критически, уменья в делах веры и благочестие существенное отделить от несущественного, важное от неважного, веру и учение от обряда, того или другого исторически сложившегося церковного чина, устава, просто обычая. А все это известным, не особенно благоприятным образом, должно было отразиться впоследствии на всей его церковно-реформаторской деятельности. К этим интеллектуальным особенностям Никона присоединялись еще и некоторые особенности его нравственного характера, которые с особой силой сказались, когда он сделался патриархом. В Никоне-патриархе сказался человек очень властный, гордый и суровый, человек самолюбивый, неуступчивый и нетерпимый к мнению других, а в то же время человек очень увлекающийся, и потому недостаточно устойчивый в самых своих убеждением и, особенно, в своих симпатиях и отношениях к другим, способный часто действовать под влиянием просто гнева или неудовольствие, и вообще тех или других случайных и чисто внешних впечатлений. Впрочем все эти отрицательные качества выступили у Никона с особой рельефностью только впоследствии, когда он сделался патриархом: ранее их не замечали, и потому Никон, как бесспорно-выдающийся во всех отношениях человек, и был намечен царем и Стефаном Вонифатьевичем в патриархи на место Иосифа.