Магеллан и его спутники узнали о Филиппинах немногое. Их завоевательные попытки начались и кончились на острове Себу. В это время Филиппинский архипелаг далеко еще не представлял однообразной картины. Населявшие его племена стояли на разном уровне развития. У большинства племен еще господствовали родовые отношения, были сильны пережитки первобытного коммунизма. Только в прибрежных районах крупных островов в центральной части архипелага возникали феодальные княжества. Здесь было уже довольно высоко развито сельское хозяйство и ремесла, существовала письменность и литература. За несколько веков до появления испанцев эти острова были хорошо известны купцам Китая и Индии. Во многих местах архипелага строились хорошие корабли, на которых филиппинские малайцы уже плавали к чужим берегам.
Одним из таких княжеств было Себу. С его владетелем Магеллан заключил самый тесный союз и сразу же вмешался в феодальные и племенные распри. В стычке с населением маленького островка Мактон, боровшегося с владетелем Себу, Магеллана смертельно ранили. После смерти Магеллана команда его кораблей под руководством де Барбоса пыталась укрепиться на Себу. Однако колониальные устремления испанцев вызвали восстание «кровного» союзника и его подданных. Восстание привело к гибели де Барбоса и части моряков. Остальные суда бежали на родину. Вернувшийся в Испанию командир одного из кораблей был встречен с триумфом.
Начались длинные споры Испании с Португалией о «правах» на «открытый» архипелаг. Несколько раз Испанский король посылал на острова новые экспедиции. Начальник одной из них и назвал архипелаг Филиппинами, в честь наследника испанской короны, будущего короля Филиппа II.
В 1564 году из Мексики — центра испанского господства в Новом Свете — была послана эскадра под командой Лопеса Мигуэля Легаспи. Ему было поручено покорить и обратить в христианство население Филиппин. Для последней цели, немаловажной в глазах фанатичного испанского короля, в составе экспедиции находилось несколько монахов под начальством Андреса Урданеты.
Урданета обладал всеми качествами испанских проповедников христианства той эпохи, с необычайной легкостью менявших сутану на кольчугу, крест на меч и сыгравших такую значительную роль в завоевании и эксплуатации колоний. Он сочетал в себе искусство тонкого политика и интригана с опытом старого конквистадора. Прежде чем стать монахом-августинцем, он служил капитаном и сражался в колониальных экспедициях.
Хорошо вооруженным отрядам Легаспи под командой опытных военачальников удалось довольно скоро положить начало испанскому господству на островах.