Однако уже в начале XVII века испанские короли, тесно связанные монопольной торговлей с американскими колониями, стремятся ограничить проникновение туда китайских товаров. Они строго регламентируют торговлю Филиппин. Только один раз в году мог отправляться из Манилы галлион, груженный китайскими и филиппинскими товарами. Количество груза было точно предусмотрено. Большую часть составляли товары, принадлежащие правительству. Остающееся на корабле место распределялось между самыми влиятельными испанскими купцами и чиновниками, но их оттесняли монашеские ордена, превратившиеся в крупнейших помещиков-феодалов.
Филиппины были обречены на экономическую изоляцию. Филиппинский народ уплачивал непосильные налоги государству, церковную «десятину», налоги в местные провинциальные кассы. Целыми неделями филиппинское население работало бесплатно на постройке судов, церквей, дорог и правительственных зданий. Царил неслыханный произвол колонизаторов. И все же труда и продуктов, выколоченных из филиппинского народа, не могло хватить даже на содержание колониальной администрации и паразитической армии монахов. Монашеские ордена, чье имущество оценивалось десятками миллионов, чьи ежегодные доходы исчислялись сотнями тысяч реалов, были свободны от уплаты налогов. Крупные церковные магнаты получали громадное содержание. Одно жалованье манильского архиепископа составляло 60 тысяч реалов в год. Содержание манильского собора обходилось в 80 тысяч реалов.
Испанская администрация — от титулованных генерал губернаторов до ненавистных народу жандармов (так называемой «гражданской гвардии»), представлявших в самых отдаленных селениях королевскую власть, — имела неограниченные возможности грабить население. Только очень малочисленный слой филиппинцев, в частности метисы, находился в относительно привилегированном положении. Туземные помещики, потомки прежних филиппинских феодалов, вождей племен и старейшин, дети от смешанных браков испанских колонизаторов с филиппинскими женщинами, избранные питомцы монахов, были передовым отрядом эксплуататоров народных масс. Им предоставлялись низшие административные и судейские посты. Они заправляли в округах и районных центрах, захватывали земли крестьян, еще не присвоенные монахами. В них испанский абсолютизм искал свою социальную опору в колонии.
Филиппины разделялись на провинции, управляемые губернатором. Губернатор — алькальде должен был быть непременно испанцем. Провинции охватывалитряд округов (муниципалитетов), во главе которых стояли «маленькие губернаторы» — «гобернадорсильо», обычно метисы или туземцы. Входившие в состав муниципалитета барио (селения, волости) управлялись старшинами — также филиппинцами.