Но вся эта армия чиновников — испанцев и филиппинцев — находилась под фактическим наблюдением и контролем монашеских орденов. Без одобрения приходского священника не были действительны никакие распоряжения не только старшин, но и гобернадорсильо.
Сами гобернадорсильо выбирались и назначались по указке монахов. Каждый испанский губернатор, казалось бы, полновластный хозяин в своей провинции (наряду с административными правами ему предоставлялись права монопольной торговли), вынужден был считаться с монахами. Даже генерал-губернатор редко осмеливался идти на открытый конфликт с представителями всесильных монашеских орденов. Опыт показал, что нежелательный монахам светский владыка филиппинского народа очень быстро отзывался из колоний или после окончания своих полномочий оказывался обвиненным в преступлениях против короля и «святой католической церкви».
Судьба многих генерал-губернаторов, не поладивших с монахами, служила грозным примером и предостережением их преемникам. В 1644 году генерал-губернатор де Корсуэро лишился всего своего имущества и пять лет просидел в темнице. В 1668 году Диего де Тальсэда, обвиненный комиссаром инквизиции в ереси, хитростью был схвачен ночью в своем дворце, отправлен под конвоем в Мексику и по пути умер. В 1683 году конфликт между генерал-губернатором Хуаном де Варгас Хуртадо и архиепископом Пардо, претендовавшим на неограниченную власть, вызвал постановление совета при генерал-губернаторе о ссылке архиепископа в отдаленную провинцию. Доминиканцы, к ордену которых принадлежал архиепископ, ответили отлучением генерал-губернатора от церкви. Генерал-губернатор разослал руководителей ордена по дальним островам. Но сосланному архиепископу пришлось жить в своем довольно комфортабельном изгнании недолго: уже через год на Филиппины прибыл новый наместник. Новый светский владыка Габриэль де Курусеалеги и Арриола был тесно связан с клерикальным миром и, в частности, с доминиканцами. Архиепископа немедленно возвратили в столицу, где он получил неограниченные возможности мести. Все голосовавшие за его ссылку члены совета были изгнаны из Манилы, и большинство их умерло в ссылке. Бывший генерал-губернатор, отлученный от церкви, с большим трудом вымолил у мстительного архиепископа смягчение тяжелой эпитимии (церковного наказания). По первоначальному решению Пардо, его враг должен был в течение четырех месяцев стоять в одежде кающегося грешника, с веревочной петлей на шее и зажженной свечой в руке, поочереди у всех церквей на людных перекрестках Манилы. Это наказание было заменено ему ссылкой на маленький островок на реке Пасиг. Прожив там в полном одиночестве пять лет, Варгас был послан, как пленник, в Мексику. По пути туда он умер.