Насколько я представляю себе эту ситуацию ретроспективно, с позиций появления в ОКБ в 1960 году, Андрей Николаевич хотел иметь некоторое исследовательское подразделение для отработки аэродинамических компоновок в переходный для авиации момент — внедрения в самолетостроение реактивных двигателей, оставив за Сергеем Михайловичем практическую работу по разработке конкретных самолетов.
По воспоминаниям Георгия Алексеевича Черемухи-на, занимавшегося у Б. М. Кондорского вопросами аэродинамики, Андрей Николаевич почти ежедневно бывал в их подразделении со своими идеями. В это время ОКБ вело большие исследовательские работы по модификации самолета Ту-2 с реактивными двигателями. Г. А. Черемухиным определялись практические рекомендации по применению «правила площадей», исследовались аэродинамические компоновки с различной стреловидностью и размещением двигателей для самолетов Ту-16 и Ту-95.
Еще при создании самолета АНТ-20 «Максим Горький» Туполев поручает Б. М. Кондорскому создание внутренней компоновки, интерьера самолета, где были телефонная станция, буфет, кинозал, фотолаборатория, пассажирский салон и т. д. Работы по интерьеру в бригаде проектов проводились и позже на пассажирских самолетах.
Разработка самолета Ту-2 и его модификаций продолжалась до 1948 года. Впрочем, в это время ОКБ решало уже более важные задачи. В 1944 году на Дальнем
Востоке совершили вынужденную посадку после бомбардировки Японии три новейших американских бомбардировщика В-29. Сталину доложили, что это лучшие бомбардировщики на сегодняшний день, ничего подобного у нас нет. Сталин принял решение — сделать точную копию этого самолета. Война близилась к концу, и он понимал, что наступающий мир может оказаться шатким и дальний бомбардировщик может потребоваться. К тому же он знал, что за годы войны американская техника ушла вперед.
Нужен был конструктор, умеющий создавать большие самолеты. И, хотя Туполев только что был выпущен из заключения, Сталин решил доверить ему эту работу. Тем более что в ОКБ уже проектировался дальний, тоже четырехмоторный бомбардировщик АНТ-64 с близкими летно-техническими характеристиками..
Туполев осмотрел самолеты, которые наши летчики перегнали с востока на Ходынское поле, понял, что копирование В-29 означает техническую революцию всей советской промышленности, не только авиационной. Придется сделать серьезный рывок в области технологий, авиационных материалов, особенно неметаллических, разработать новое поколение приборного оборудования, систем автоматики и телемеханики. Занимаясь уже однажды, в 30-е годы, созданием авиационной промышленности в России, Туполев знал, с каким сопротивлением ведомств ему придется столкнуться, и он запросил и получил лично от Сталина право заставлять работать все необходимые отрасли производства. Действительно, с первых же шагов в политбюро, к Сталину, посыпались многочисленные жалобы, что промышленность не в состоянии выполнить поставленные требования. Сталин остался верен своему обещанию и объявил, что указания Туполева выполнять, как его, а в случае конфликта приходить к нему только вместе с Туполевым. Все жалобы кончились моментально.