И все эти препятствия и затруднения И.М. Затрапезнов преодолел и создал мануфактуру, еще много лет после него служившую славою и гордостью России.
К сожалению, труды и заботы И.М. Затрапезнова, по-видимому, самым печальным образом отразились на его здоровье: он умер в молодых еще годах, имея всего лишь 46 лет; оставшийся после него портрет изображает его человеком истощенным, с болезненным цветом лица, с серьезным задумчивым взглядом больших темных глаз, показывая, что и при жизни своей И. М. Затрапезнов хорошим здоровьем не пользовался.
Последним делом И.М. Затрапезнова на пользу и украшение устроенной им мануфактуры была постройка при мануфактуре церкви.
Несмотря на то, что в Ярославле, как видели выше, уже имелось множество прекрасных церквей, из которых каждая могла бы служить образцом при постройке вновь задуманной церкви, несмотря на то, что многие из строителей ярославских церквей так и поступали: посылали мастеров снять размеры понравившейся церкви, с поручением строить по ней новую, И. М. Затрапезнов и в этом деле сумел отрешиться от традиций родного города и проявить тот же дух новаторства, который неизменно проявлял в продолжение своей жизни: построил храм, резко отличающийся своим видом от прочих церквей Ярославля и этим невольно привлекающий к себе внимание.
По-видимому, глубокий почитатель Петра Великого, на осуществление мысли которого о насаждении в Ярославле полотняной промышленности ему пришлось столько поработать; кроме того, видимо, глубоко ему благодарный и за первую мысль о начатии в Ярославле полотняного дела, и за приказ вступить в число компаньонов Тамеса, и за издание «Регламента Мануфактур-коллегии», явившегося для преемников Петра как бы завещанием — как относиться к учредителям фабрик и заводов, и тем давшего ему, Затрапезнову, возможность из простого «ярославца гостиной сотни» превратиться в «Мануфактур-Директора» и «Коллежского Советника», — И. М. Затрапезнов и задуманный храм надумал построить так, чтобы он вечно, пока ни существует, напоминал об имени Великого Преобразователя России.
И это ему удалось: и выбор имени святых, в честь коих он решил строить храм — святых апостолов Петра и Павла, имя одного из коих, как известно, носил Великий царь, и придание храму внешнего сходства с построенным Петром в Петербурге Петропавловским собором — и по сей день невольно переносят мысль к тому, чьей мысли Ярославская Большая мануфактура обязана своим возникновением и чьему покровительству — своим былым процветанием.
Закладка храма была произведена в 1736 году; освящен же храм был в два приема: в 1742 году — нижний, теплый: во имя святого Симеона Богоприимца и Анны Пророчицы, а в 1744 году — верхний, летний, во имя святых апостолов Петра и Павла, причем чин освящения этого последнего производил митрополит Ростовский и Ярославский Арсений Мациевич.