Но столь высокая оценка опытного компонента научно-философского знания не составляет главного в методологии Декарта. Его размышление над законами и правилами такого осмысления делает эту методологию прежде всего рационалистической. В основе развития научного знания, согласно Декарту, лежит совершенствование аналитических приемов познавательной деятельности человека. Знакомясь уже с первым из «Правил…», читатель убеждается, что автор, с одной стороны, связывает свою методологию с дальнейшим разделением труда, а с другой — во множестве наук стремится отыскать объединяющую их «всеобщую мудрость» (universalis Sapientia), т. е. присущий всем им метод. Его преимущественная ориентация на математику становится совершенно очевидной со второго правила, когда он заявляет, что отвергает «все вероятные знания» и считает достойными доверия, совершенными знаниями только те, «в которых невозможно сомневаться».
Принципиальное значение для методологии Декарта имеет трактовка математики. Философию, начиная с древности, нельзя рассматривать как некую пранауку, от которой в историческом прогрессе знания «отпочковываются» все новые и новые науки. Подобно этому, и математику, даже древнюю, нельзя представлять в качестве некоей единой системы совершенно точного знания. В действительности то, что обозначается греческим словом «математика», уже в античности выступало как более конкретное знание — геометрия, арифметика, астрономия, музыка. К исходу античности — началу средневековья, потеряв значительную часть своего теоретическо-дедуктивного содержания, эти дисциплины оформились как «свободные искусства», обслуживавшие церковную и житейскую практику. К началу Нового времени появились и другие прикладные знания математического цикла — оптика и «механические искусства». Великий математик, столь много сделавший для разработки математических формализмов, Декарт, обобщая приемы всех математических наук, пришел к заключению о существовании «всеобщей математики» (Mathesis universalis), оказывающейся синонимом «всеобщей мудрости». Всеобщая математика — та «всеобщая наука» (Scientia universalis), в которой «исследуются какой-либо порядок или мера, и неважно, в числах ли, или фигурах, или звездах, или звуках, в любом ли другом предмете придется отыскивать такую меру». Подходы к обобщенной математике Декарт видит у древнегреческих математиков Паппа и Диофанта, а ее методологическую суть усматривает уже в известной надписи над входом в платоновскую Академию, запрещавшей входить туда всем несведущим в геометрии (математике). Но конечно, именно Декарт возвел математику на высший методологический уровень. Его «всеобщая математика» — важнейший этап формирования аксиоматического метода, одной из основ современной теории науки.