Следует напомнить, что для совершенствования человеческого знания, в особенности того, которое претендует на статус научности, необходимы два главных фактора — многообразный опыт, без которого невозможно никакое знание, и деятельность по его осмыслению, проясняющая, анализирующая и обобщающая огромную пестроту опыта. Осознание бесплодности схоластической методологии привело многих философов эпохи Возрождения и XVII в. к идее о решающей роли опыта, который в эту эпоху многократно расширился и обогатился по сравнению с античностью и средневековьем. Огромные успехи производственной деятельности сопровождались развитием такого эффективного способа исследования объективных закономерностей, как эксперимент — целенаправленный опыт, дающий конкретные ответы на вопросы, поставленные исследователем. Эта сторона методологии тогдашней философии породила в ней могучее направление, обычно именуемое эмпиризмом. Наиболее ярким представителем методологии эмпиризма был Фрэнсис Бэкон.
С другой стороны, в рассматриваемую эпоху совершенствовалась и интеллектуальная деятельность по осмыслению опыта. На смену традиционной логике приходила математика, в правилах и теоремах которой такая деятельность получала строгую формулировку. Свое концентрированное выражение она нашла в математическом естествознании, где опытно-экспериментальный и математический факторы выступили в неразрывном единстве. И если Галилей предлагал просто заменить традиционную логику математикой, то Декарт разработал достаточно конкретную и обобщенную методологию, которую принято называть рационалистической.
Эта методология не означала игнорирования или даже недооценки опытного фактора знания. Тонкий экспериментатор, Декарт в заключительной, VI части «Рассуждения о методе» пишет: «Что касается опытов, то я заметил, что они тем более необходимы, чем далее мы продвигаемся в знании». Аналогичные положения читатель встречает и в «Правилах для руководства ума». Переписка Декарта свидетельствует, что он был осведомлен об индуктивной методологии Бэкона и в общем относился к ней одобрительно. Для самого французского философа весьма характерно, что в поисках эффективной методологии он не раз приводит в пример производственные приемы различных ремесленников — ткачей, вышивальщиц и др., ибо «все эти искусства удивительно хорошо упражняют ум». Декарт осуждает не только схоластическую умозрительность, но и беспорядочные действия алхимиков, и совершенно произвольные заключения астрологов, которые, не зная природы звезд и не наблюдая их движений, тем не менее берутся определять их воздействие на людей. Тонкий методолог с иронией осуждает тех философов, «которые, пренебрегая опытами, думают, что истина выйдет из их собственного мозга, словно Минерва из головы Юпитера».