В дальнейшем философ стремился восполнить этот недостаток своих знаний. Правда, вопросы жизнедеятельности растений остались вне его экспериментаторского и мировоззренческого внимания, но анатомическими (отчасти и физиологическими) исследованиями он занимался интенсивно. Декарт по достоинству оценил столь важное для его понимания природы животного и человека открытие кровообращения английским врачом Уильямом Гарвеем (1628). Результаты своих анатомических, эмбриологических и физиологических исследований и размышлений он изложил в произведении «Описание человеческого тела. Об образовании животного» (последняя редакция относится к 1648 г.).
Выше мы говорили о решительном отказе Декарта от биоморфно-органистического истолкования бытия. Правда, Аристотель внес поправки в гилозоистическую интерпретацию природы, установив принципиальное отличие живого от неживого (хотя Стагирит и придерживался представлений о самозарождении жизни) и связав живое с тремя разновидностями души — растительной (питание и рост), чувствующей (ощущение и восприятие) и разумной (познавательная деятельность человека). Эта аристотелевская биопсихология в сущности была унаследована схоластикой. Декарт радикально изменил понимание животного организма. Он решительно отказался от понятий растительной и чувствующей души, как и от «тайных свойств», «субстанциальных качеств» и других умозрительных фикций, без которых не могли обойтись схоластики.
Отказ от аристотелевских понятий растительной и чувствующей души во многом объясняется у Декарта осмыслением открытия Гарвеем кровообращения и роли сердца в атом процессе. Факт кровообращения французский философ увязывал с явлениями пищеварения, дыхания, с пульсированием вен и артерий. «Фабрика сердца» мыслилась им как жизненный центр животного организма.
Исследуя животный организм, Декарт открыл механизм ответных реакций животного на раздражение его органов чувств предметами и явлениями окружающего мира. Суть этого механизма, согласно Декарту, составляет движение так называемых животных духов (это понятие восходит к физиологии поздней античности). «Животные духи» — не что иное, как мельчайшие частицы крови, курсирующие в нервных «трубках», поднимающихся к мозгу, и объясняющие движение мышц тела животного в ответ на раздражение тех или иных его участков. При всей примитивности такого объяснения с точки зрения современной физиологии (хотя под влиянием авторитета Декарта понятие «животные духи» употреблялось в ней более столетия после его смерти) философ впервые в истории научной мысли описал схему безусловно-рефлекторных реакций животного организма. Великий русский физиолог И. П. Павлов прямо указал на то, что декартовское понятие безусловного рефлекса стало первым шагом на пути к современной физиологии высшей нервной деятельности