В IV части «Рассуждения о методе» Декарт изложил основы своей метафизики (разумеется, в ее традиционном, аристотелевском смысле — как учения о наиболее общих принципах бытия и знания). Углубленную их трактовку он дает в специальном сочинении — «Размышление о первой философии» (как именовал метафизику сам Аристотель), написанном на латинском языке и изданном в Париже в 1641 г. Второе издание этой работы вышло в Амстердаме в 1642 г., а французский перевод, опубликованный в Париже в 1647 г., назывался «Метафизические размышления». В этом издании к основному тексту были приложены семь «Возражений» на него (их собрал главным образом Мерсенн, разославший рукопись, присланную ему автором, различным философам) и «Ответы» Декарта на «Возражения». Предусмотрительный автор, таким образом, оставлял последнее слово в философском споре за собой.
В те годы его философия проникла в некоторые нидерландские университеты, особенно в Утрехтский. Среди профессоров появились убежденные и энергичные последователи Декарта. Самыми активными и талантливыми пропагандистами картезианства (последующее наименование всей совокупности взглядов философа) были профессора Утрехтского университета Хендрик Ренери и Хендрик Деруа (Леруа, Региус), пришедшие к философии от медицины.
Рост популярности и влияния картезианства в нидерландских университетах весьма встревожил местных церковников. Хотя это были не католические, а протестантские церковники, но и они мировоззренчески во многом перестроились на традиционную аристотелевско-схоластическую философию, рушившуюся под ударами картезианства. Профессор теологии того же Утрехтского университета Гисберт Воэций, который был также кальвинистским священником и популярным проповедником, сначала обвинил в атеизме Деруа, а затем начал злобную — и косвенную и прямую — травлю самого Декарта (борьба их сторонников и противников распространилась и на Лейденский университет, где виднейшим картезианцем стал профессор Адриан Хеерборд). При всей своей осторожности Декарт не счел возможным уклониться от борьбы и был вынужден принять вызов. В большом памфлете, написанном в 1645 г., он, обнаружив талант могучего полемиста, выявил истинное лицо Воэция как злостного клеветника и невежды в философии. Но, по существу одержав как научную, так и моральную победу, Декарт был бессилен в чужой стране, где кальвинизм был официальным религиозным вероисповеданием, призвать руководство Утрехтского университета к решительному осуждению Воэция. В дальнейшем против Декарта выступали и другие протестантские церковники, ему пришлось полемизировать и с некоторыми католическими авторами из числа иезуитов.