В годы этой борьбы Декарт издал в Амстердаме «Первоначала философии» (в 1644 г. — на латинском языке, в 1647 г. — во французском переводе) — систематическое изложение своей философской доктрины, включавшей наряду с методологией и метафизикой все разделы физики — учение о телах, о мире и о Земле. В 1645–1648 гг. кроме активной переписки, в которой уточнялись и развивались многие философские (как и конкретно-научные) идеи, Картезий работал над сочинением «Описание человеческого тела. Об образовании животного» (при жизни автора оно не было опубликовано). В этом произведении Декарт сделал попытку применить принципы своей физики к объяснению животного и человеческого организмов. Антропологическая проблематика, в фокусе которой было исследование телесных качеств и духовных свойств человека, составила содержание трактата «Страсти души», вышедшего в свет в Нидерландах в конце 1649 г.
В это время Декарт находился уже в столице Швеции Стокгольме, куда он выехал по настоятельному приглашению королевы Христины, которая с его помощью намеревалась учредить в Швеции Академию наук (и даже сама пыталась овладеть принципами картезианства). Но пребывание Декарта в Стокгольме продолжалось лишь несколько месяцев. Простудившись, он умер 11 февраля 1650 г.
Прежде чем переходить к систематическому обзору философского учения Картезия, необходимо сказать еще несколько слов о его социально-политическом содержании.
Здесь приходится констатировать довольно значительную политическую индифферентность французского философа. В «Рассуждении о методе» он выразил свою неприязнь к тем заносчивым, по его мнению, людям, которые видят смысл своей жизни в различных общественных преобразованиях, и тем более в ниспровержении существующего государственного устройства. По убеждению Декарта, много благотворнее для общества приспосабливаться к его несовершенствам, к тем или иным недостаткам государственных организмов, ибо разрушение их угрожает людям огромными бедствиями. Содержание произведений Декарта и вся его деятельность имели первостепенное значение для будущего формирования во Франции условий для буржуазной революции. Характерно здесь уже то, что, осуждая любое посягательство на существующие социальные порядки, как и на религиозно-идеологические системы, их освещавшие, Декарт не только не отказывался признать свое новаторство в сфере науки, но даже подчеркивал его. В трудных вопросах науки, писал он в «Рассуждении о методе», «большинство голосов не является доказательством» и «гораздо вероятнее, чтобы истину нашел один человек, чем целый народ». Вместе с тем философ ясно сознавал социальную природу науки, ее жизненную необходимость для общества. Отсюда неоднократно высказываемая им мысль об обязанности правителей финансировать сложные эксперименты, без которых невозможно продвижение в научных открытиях (французское правительство в признание заслуг Декарта назначило ему пенсию, хотя ученый так ее и не получил).