В 1989 году Березовский создал и возглавил советско-швейцарское предприятие «ЛогоВАЗ», занимавшееся поставками программного обеспечения на «АвтоВАЗ» и продажей отечественных автомобилей. В 91-м стал одним из соучредителей Московской независимой вещательной корпорации (МНВК). В 1993-м стал гендиректором и членом Совета директоров АО «Автомобильный всероссийский альянс» (AVVA), который планировал заняться сбором денег у населения под громкий проект создания «народного автомобиля». Проект впоследствии провалился.
Зимой 1993/94 годов Березовский вошел в ближайшее окружение президента Бориса Ельцина. Журналист Валентин Юмашев, автор книги о Ельцине, представил его дочери президента Татьяне Дьяченко.
В июне 1994 года на Березовского было совершено покушение. Его «Мерседес» подорвался на радиоуправляемой мине, погиб водитель предпринимателя. Березовский, его телохранитель и восемь прохожих получили ранения.
В 1994 году Березовский ушел с поста гендиректора «ЛогоВАЗа», став председателем Совета директоров. В том же году Березовский стал первым заместителем председателя Совета директоров ОРТВ. В 95-м Березовский и другой бизнесмен, Роман Абрамович создали «Сибнефть», занявшую 20-е место в рейтинге крупнейших нефтяных компаний мира и 6-е место среди российских. Березовский, пользуясь возможностями телеканала МНВК «ТВ-6 Москва», сыграл ключевую роль в смене руководства компании «Аэрофлот» и участвовал в ее акционировании.
В марте 1996 года Березовский договорился с другими олигархами объединить усилия для переизбрания на второй президентский срок Бориса Ельцина. Для этой цели был создан избирательный штаб во главе с Анатолием Чубайсом. Позже Березовский заявлял, что предвыборную программу победившего Ельцина финансировали семь банкиров, контролировавших более половины российской экономики («семибанкирщина»).
В 96-м Ельцин назначил Березовского заместителем секретаря Совета безопасности России. В 97-м был снят с этого поста и сразу назначен советником Юмашева, ставшего к тому времени руководителем Администрации президента. В 1998 году назначен исполнительным секретарем СНГ. В ноябре 98-го Березовский заявил, что сотрудники ФСБ готовили покушение на его жизнь. Он обратился с открытым письмом к главе ведомства Владимиру Путину и организовал на ОРТ пресс-конференцию представителей этого ведомства, среди которых был и подполковник Александр Литвиненко, позже бежавший в Великобританию и отравленный при невыясненных обстоятельствах. В мае 1998 года Березовский был уволен с поста советника руководителя президентской администрации, а в марте 1999 года снят с должности председателя Исполнительного секретариата СНГ.