В порту находился также дредноут «Императрица Мария», который от внутреннего взрыва в носовой части перевернулся вверх килем. Тяжелые башни линейного корабля вывалились; попытки поднять его, производившиеся под руководством русского инженера, еще продолжались, но затем в связи с недостатком угля немцы ограничили их сохранением корабля на плаву при помощи сжатого воздуха. На верфях немцы нашли значительные запасы военных материалов и корабельного снаряжения. Русское управление работало сравнительно хорошо, на верфи осталось большинство прежних служащих. С помощью присланного из Германии морского личного состава и служащих с верфей в течение июня был восстановлен некоторый порядок на верфях. Между прочим, для нужд германских войск восстановили и центральную мощную радиостанцию и госпитали.
Следующей задачей флота являлось введение в строй русских легких морских сил для несения дозоров у крымского побережья и в Азовском море и охраны торгового судоходства против пиратства. Оставалось невыясненным, чего можно было ожидать от русских морских сил, скрывшихся в Новороссийск. Для решения этого вопроса 52-й корпус намеревался двинуть сухопутные силы против Новороссийска и просил о немедленной поддержке со стороны морских сил.
Командующий флотом намеревался запереть Новороссийск с помощью подводных лодок и мин; кроме того, в его планы входила воздушная атака под прикрытием «Гебена» и поддержка переброски германских войск через Керченский пролив на Таманский полуостров. Морской генеральный штаб в Берлине желал возвращения «Гебена» в Константинополь, в соответствии с чем сообщил германскому верховному командованию, что корабль не сможет принять участия в намеченной операции. Однако командующий флотом сумел отвести эти затруднения, явно обусловленные турецким влиянием, и «Гебен» временно остался в Севастополе. Пребывание его там использовали для ввода его в док. При постановке на якорь на «Гебене» лопнула паровая труба, проходившая через отделение, еще заполненное водой со времени получения минной пробоины, ввиду чего всю тяжелую работу по отдаче и уборке якоря приходилось выполнять вручную. Одновременно со свежей покраской подводной части было крайне необходимо обследовать отсеки, получившие пробоины 20 января. На судостроительном заводе имелся док достаточных размеров, но вследствие отсутствия рабочих всю работу пришлось выполнять своими силами. 7 июня корабль встал в док (последний раз он стоял в доке 4½ года тому назад). За короткое время, имевшееся в распоряжении, удалось только очистить днище и покрасить его, а также исправить паропровод к якорному шпилю; к заделке пробоин не приступали; 14 июня «Гебен» уже вышел из дока.