Германское правительство начало переговоры с советским правительством, чтобы добиться возвращения русских кораблей из Новороссийска в Севастополь. Хотя трудно было ожидать их участия в операциях и восстановления их боеспособности, тем не менее все же общая безопасность требовала их разоружения и германского контроля над ними. Об обстановке на этих кораблях с различных сторон приходили самые противоречивые известия. На некоторых кораблях будто бы царил полный хаос, но другая часть их, находившаяся под командой старых офицеров, была еще боеспособна. UC-23, державшаяся на позиции перед Новороссийском, сообщала 3 июня приблизительно те же сведения. Корабли имели на гафелях андреевские флаги, а на фор-стеньгах — красные. Командующим флотом был адмирал Саблин. После неоднократного обмена телеграммами Берлина с Москвой 13 июня правительства договорились, что корабли должны вернуться в Севастополь в течение 6—10 дней. Германское правительство признавало корабли собственностью России и объявляло, что намерено вернуть их после заключения общего мира. Московское правительство послало в Новороссийск приказ о подготовке к переводу кораблей в Севастополь, который должен был последовать не позднее 19 июня. Получив этот приказ, адмирал Саблин сложил с себя командование; его заместитель, капитан 1 ранга Тихменев, 16 июня запросил по радио германское командование, прося указаний по выполнению перехода в Севастополь. Ребейр-Пашвиц отвечал, что в 9 ч 19 июня корабли должны находиться перед Севастополем с орудиями, закрепленными по-походному и открытыми орудийными затворами, с боевым запасом в погребах. После постановки на якорь кораблям предстоял осмотр особой комиссией. 18 июня Тихменев сообщил коменданту Севастопольского порта, что русский флот войдет на следующее утро в составе линейного корабля «Воля», шести эскадренных миноносцев и вспомогательного крейсера. Остальные корабли не могли прибыть по техническим причинам, так как не хватало личного состава и буксиров. 19 июня корабли прибыли под андреевским флагом в Севастополь. При проходе мимо «Гебена», на котором была пробита боевая тревога, линейный корабль «Воля» отсалютовал флагом.
На совещании Тихменев объявил, что не может дать точных указаний о местопребывании оставшихся кораблей. Личный состав этих кораблей был не согласен с уходом кораблей и предпочитал лучше потопить их. Эти сведения не могли удовлетворить германское военное командование. Но и агенты не могли точнее установить местопребывание отсутствующих кораблей. Русское правительство обязалось перевести в Севастополь весь флот целиком, но так как это условие не было выполнено, германское командование не могло прекратить враждебных действий против Новороссийска. Оно поставило себе целью восстановление свободной торговли на Черном море, что было возможно только при полном разоружении русского флота. Чтобы добиться полной ясности, Ребейр-Пашвиц решил 27 июня появиться у Новороссийска с «Гебеном», тремя эскадренными миноносцами, двумя тральщиками и гидросамолетом. Тем временем пришло известие, что находившиеся в Новороссийске один линейный корабль (дредноут) и несколько эскадренных миноносцев затоплены на глубоком месте. Германское морское командование считало необходимым выяснить положение, в котором находятся затопленные корабли, уберечь ценные торговые суда от подобной судьбы и сохранить большой нефтеналивной пароход «Эльбрус» для крайне необходимой доставки нефти.