В Мадриде вдруг вспыхнуло народное восстание. Наполеона это очень удивило. Он был уверен — его правительство будет тепло встречено испанским народом. В кровавой резне 2 мая 1808 года погибли сотни испанцев. Французские солдаты безжалостно истребляли всех, кто посмел возмутиться и воспротивиться новой власти. В ответ испанцы сформировали народное ополчение и группы гражданского сопротивления. Представители местной знати возглавили антифранцузские комитеты. В стране началась настоящая партизанская война. На французов буквально охотились, они часто попадали в засады и погибали.
Жозеф прибыл в Мадрид, чтобы взойти на трон. Сначала его выгнали из Мадрида, но потом он все-таки вернулся. Испанцы иронически относились к этому самозваному королю — обыгрывая его французское имя Жо Ботлс, они придумали ему обидное прозвище Пепе Ботельяс (Пепе Бутылкин). В сентябре 1808 года в Севилье была создана главная антифранцузская организация. Севильская хунта от имени Фердинанда VII требовала передать ей управление страной.
Испанские события эхом откликнулись в Южной Америке. Возникло патриотическое движение в поддержку молодого короля Фердинанда. В сентябре 1808 года арестовали наместника Новой Испании Хосе де Итурригарая, выступавшего за независимость Новой Испании. Его борьба с испанским духовенством и крупными торговцами была поддержана мексиканской креольской аристократией.
Итурригарай был арестован и отправлен в Испанию, но не прошло и года, как первые признаки народного недовольства переросли в настоящую революцию в Испанской Америке. В мае в Верхнем Перу (территория современной Боливии), в Чукисаке (теперь Сукре), где находилась правительственная резиденция, внезапно вспыхнуло студенческое восстание. Оно было направлено не против французов, а против власти севильской хунты, которая, по их мнению, защищала интересы королевского двора, а не испанской нации. Власть президента и архиепископа была низложена.
Рядом, в Ла-Пасе, вспыхнул еще один студенческий мятеж. В августе в Кито группа либеральных креолов под руководством маркиза де Сельва Алегре основала свою ассамблею. Она объявила о верности Фердинанду VII и непризнании власти севильской хунты. На самом деле это был лишь предлог для высылки испанских чиновников и захвата власти в свои руки. В Санта-Фе-де-Боготе произошло то же самое. В мексиканском Вальядолиде креолы образовали независимую хунту.
Испанские власти отреагировали быстро и твердо: наместник Испании в Лиме послал войска для подавления восстания в Ла-Пасе. Армия из Буэнос-Айреса расправилась с бунтовщиками в Чукисаке. В Кито испанцы также восстановили свою власть. Вспыхнувшие в Санта-Фе-де-Боготе и Вальядолиде беспорядки были быстро подавлены. И только Венесуэла все еще боролась за свободу.