В 1806 году Наполеон одержал победы над Россией и Австрией под Аустерлицем и над Пруссией — под Йеной. Годой с присущим ему недомыслием решил переметнуться в другой лагерь. Наполеон проучил его. Годой наивно пригласил его в Испанию. Он хотел помочь Наполеону завоевать Португалию — последнюю часть Европы, остававшуюся вне его контроля. Карла IV должны были провозгласить императором Америки. Годой становился правителем южной части Португалии, а французам доставался португальский флот.
В 1807 году сильная французская армия под командованием генерала Жюно вошла на территорию Испании. Королева Португалии, умалишенная Мария I, ее сын Жуан VI, принц-регент, и весь королевский двор были посажены на корабли португальской армады (собственно, это и был весь португальский флот). Британские корабли эскортировали их вплоть до устья реки Тежу (Тахо). Затем португальская армада вышла в открытое море и направилась к берегам Бразилии. Это стало первым звеном в цепи событий, приведших впоследствии к независимости этой страны в 1820 году (см. Часть IV). Французы не получили португальский флот, но они оккупировали Лиссабон и пополнили свою армию сотнями тысяч новых солдат, аннексировав коридор через Северную Испанию — между Францией и Португалией. Это очень встревожило Карла IV и Годоя. С ужасом осознав, что Наполеон намерен проглотить Португалию и продолжает угрожать Испании, Карл IV и его придворные переехали из Мадрида в Аранхуэс. По примеру португальской королевской семьи Карл IV, спасаясь от французов, решил отправиться в Южную Америку.
Французское вторжение в Испанию и отсутствие каких-либо противодействий со стороны испанского правительства способствовали усилению революционных настроений в мрачной, разрозненной Испании. В марте 1808 года произошел военный переворот в Аранхуэсе. Его поддержали народные массы. Годой вынужден был подать в отставку. А Карл IV отрекся от престола в пользу сына, принца Фердинанда. Молодой король Фердинанд VII сумел спасти жизнь родителям, спрятав их от противников и разъяренной толпы во Франции.
Наполеон велел низложенному монарху и его преемнику явиться к нему в Байон — городок, расположенный недалеко от франко-испанской границы. Фердинанд согласился, несмотря на протесты двора и простых людей, несколько раз останавливавших его экипаж по дороге на север (и они оказались правы — эта дорога привела его прямо в ловушку).
В Байоне отец и сын страшно рассорились. Воспользовавшись этим, Наполеон сумел уговорить их подписать бумаги об отречении от испанского трона. Карла IV, Марию Луизу и Годоя отправили в Рим, где они и прожили до самой смерти. Фердинанда заключили в Луарскую крепость. Королем Испании провозгласили старшего брата Наполеона — Жозефа. В Испании была введена новая, либеральная конституция.