«Индейцы не хотят платить прежней подати, — сообщал о положении в Великой Колумбии в 1826 году своим читателям выходивший в Санкт-Петербурге журнал «Сын отечества». — Негры требуют освобождения, мулаты — уничтожения питаемых против них предрассудков, метисы — прекращения войны, индейцы — своих преимуществ. Все сии обстоятельства, так же как и предпочтение, оказываемое некоторыми областями иным генералам, суть затруднения, которые правительство Боливара должно победить и которым оно не без искусства противоборствует; но часто оно должно уступать корыстолюбию главных начальников… Неудивительно, что все отрасли государственного управления находятся в болезненном состоянии при столь многочисленных беспорядках, которые еще питаются ужасами междоусобий, возгорающимися в разных местах».
В Перу Боливара уважали, но не любили. Аристократы в глаза ему льстили, а втайне готовили против него заговоры. Перуанские магнаты видели: Боливар для народа является символом антиколониальной революции, простые люди верят Освободителю и ждут от него мер, способных улучшить их долю. Прелаты, помещики, разбогатевшие генералы боялись, что Освободитель захватит их земли и раздаст крестьянам. Они требовали вывода из страны колумбийских войск: с перуанской армией они могли бы легко справиться — она наполовину состояла из частей, боровшихся ранее на стороне испанцев и перешедших на сторону патриотов только после победы при Аякучо.
15 апреля по решению трибунала были приговорены к расстрелу перуанский генерал Бериндоага и офицер Терон, перебежавшие к испанцам во время захвата ими Лимы. Муниципалитет Лимы обратился к Боливару с просьбой помиловать их, на что Освободитель ответил:
— Помилование злодеев, повинных в предательстве родины, означало бы подлое покушение на честь республики, означало бы открыть дорогу подобным же преступлениям, которые постоянно умножались бы благодаря попустительству. Представители народа утратили патриотический дух и энтузиазм. Вот почему необходимо дать пример искупления и общественной справедливости, даже если он и вызывает всеобщий ужас.
В Боливии, этом детище Освободителя, его враги ополчились против неисправимого мечтателя Родригеса, объявившего войну мракобесию. Родригес с присущей ему энергией выполнял свои обязанности министра просвещения. В открытую им в Чукисаке «образцовую школу» он набрал двести учеников; в их числе было много детей бедняков. Родригес поселил учеников в удобном большом доме, где имелись мастерские с соответствующим инструментом.
— Я не хотел, — говорил Родригес, — наводнить страну ремесленниками — соперниками или бедняками, а пытался сделать из юношей полезных людей, обучить и приучить их к труду, дать землю и обеспечить их работой, заселить страну ее собственным населением. Мы давали образование и занятия женщинам…