После этого настало время расправиться с астраханской струговой ратью, которой командовал старый знакомец Разина, князь Львов. Атаман, не мешкая ни минуты, посадил семь сотен казаков на коней — они пошли берегом, а сам водою устремился навстречу князю. До сражения, впрочем, дело не дошло. Не зря в своем непродолжительном «астраханском сидении» грозный атаман и его товарищи смущали ратных людей. Те еще по дороге, едва скрылись стены Астрахани, решили передаться «батюшке». Так что при одном виде разинцев астраханские стрельцы похватали сотников и ударили челом Степану Тимофеевичу. Произошло это 5 июня 1670 года под Черным Яром. Голландец Фабрициус, плененный в этот день казаками, донес до нас выразительные зарисовки происшедшего: все обнимались и целовались, клялись стоять друг за друга душой и телом, чтобы, «сбросив с себя ярмо рабства, стать вольными людьми». Начальные люди и иноземцы были перебиты. Уцелели немногие, и среди них князь С. И. Львов, за которого вступился сам атаман.
Астрахань в преддверии появления разинцев бурлила. Источники сообщают, что жители были сильно смущены зловещими знамениями, которые сулили беды и потрясения. 13 июня караульные стрельцы донесли митрополиту Иосифу об искрометном граде. Три дня спустя еще одно знамение — три радужных столба с венцами в небе. Все эти знамения, осмысленные уже задним числом, после всего происшедшего, вполне укладывались в систему мировосприятия того времени. Весь город, от первого воеводы до последнего посадского, жил в ожидании взрыва. Голландец Ян Стрейс писал: кругом только слухи про «мятежные сговоры, большей частью тайные».
В начале двадцатых чисел июня Разин подошел к Астрахани. К воеводам были посланы парламентарии с требованием открыть ворота. Прозоровские поступили с ними как с заведомыми ворами — казнили, подтвердив свою решимость сражаться. Астраханский митрополит Иосиф стал обходить стены крестным ходом, укрепляя дух защитников города. Старания были напрасны. Стрельцы, вытребовавшие у воеводы жалованье, хотя и клялись в верности, оказались так же ненадежны, как и их товарищи, ушедшие со Львовым. Еще враждебнее была настроена чернь, многозначительно кричавшая: «Пусть только все повернется, и мы начнем!»
Но начал и повернул все Разин с товарищами, а не они. 22 июня казаки двинулись на штурм Белого города и кремля. Среди защитников города началось смятение. Одни из них под строгим присмотром начальных людей сражались, другие протягивали разинцам руки и помогали вскарабкаться на стены. Вскоре казаки уже были в городе. Пал, сраженный выстрелом, второй воевода, окольничий князь Прозоровский. Его брат, астраханский наместник И. С. Прозоровский, тяжело раненный, был отнесен в соборную церковь. Сюда же, под защиту церкви, бежали все те, у кого не осталось надежды уцелеть во взятом и восставшем городе. Но гражданские войны тем и отличаются от обычных, что в своем ожесточении легко преступаются все нравственные и религиозные преграды. Иосиф исповедовал и причастил Прозоровского под аккомпанемент казацких ударов в створы церковных дверей. Храм не стал убежищем. Казаки выволокли всех укрывшихся на суд и расправу. Судил Разин. Прозоровского под руки вывели на раскат и столкнули вниз. Остальных приказных, начальных и служилых людей перебили и свезли в Троицкий монастырь для погребения. Монахи потом насчитали 441 тело. Всего же погибло более полутысячи человек.