Девятое термидора отразилось всего сильнее на юге Франции, где вообще страсти пылали сильнее. Но друзья казненных не могли помышлять о сопротивлении; они дрожали за собственную жизнь и спешили спасать ее, кто богатством, кто посредством выражения покорности и отречения от низвергнутого диктатора. К числу последних принадлежал и Наполеон, на которого пало подозрение, что он поддерживал Робеспьера. В своем письме к французскому поверенному в Генуе Наполеон старается оправдаться. Он пишет между прочим: «Я немного огорчен катастрофой с Робеспьером младшим, которого я любил и считал невинным. Но будь он даже мой родной отец, я бы сам пронзил его кинжалом, если бы он стал стремиться к тирании».
Однако это унижение, которому подверг себя Наполеон, не помогло ему. Он был арестован, отставлен от должности и чина и заключен в крепость, откуда он написал письмо конвентским комиссарам с уверениями в своей преданности революции, республике и отечеству. В его бумагах, впрочем, не найдено было ничего предосудительного, и так как среди термидорцев были люди, расположенные к нему, то его выпустили на свободу и даже вскоре вернули ему чин генерала.
Почти непосредственно после этого Наполеон получил предписание отправиться в Вандею, в западную армию, где он должен был принять участие в подавлении восстания. Но он задержался в Париже, выжидая результатов якобинского заговора против конвента. Якобинское предприятие кончилось неудачей, и тогда-то Наполеон, убедившись в окончательном провале якобинцев, отошел от крайних партий и приблизился к умеренным, ставшим тогда у власти. В числе их находились Фрерон и Баррас, бывшие конвентскими комиссарами в то время, когда Наполеон одержал победу в Тулоне. Они были очевидцами его подвигов, и поэтому Наполеон рассчитывал на их поддержку. Тем не менее комитет общественного спасения, в наказание за ослушание, вы черкнул его из списка артиллерийских генералов и назначил его в пехоту, опять-таки в Вандею. Наполеон сказался больным. Тогда он был уволен и в течение нескольких месяцев слонялся в Париже без дела и опять сильно бедствовал, жил в меблированной комнатке, носил поношенный мундир и занимал гроши у приятелей. Он даже пробовал открыть книжную торговлю. Но, разумеется, такие неудачи не могли сломить энергии человека, про которого его приятели говорили, что он кончить или престолом или эшафотом. Он писал о себе так: «Я испытываю такое душевное состояние, как-будто я нахожусь накануне сражения в глубокой уверенности, что нелепо себя беспокоить мыслями о будущем тогда, когда смерть сторожит нас на каждом шагу и может все сразу прикончить. Все побуждает меня с презрением относиться к смерти и к судьбе. Если такое душевное со стояние продлится, то я могу дойти до того, что даже не сойду с дороги, если навстречу мне будет мчаться экипаж. Мой рассудок удивляется этому, но зрелище, которое представляет страна в данную минуту, и привычка к игре случая привели меня в такое состояние»…