Дальнейшие события истории мамлюков XVI столетия известны очень плохо из‑за недостаточного отражения их в хрониках. Мамлюкские беи с их дружинами привлекались османскими султанами для военных операций за пределами Египта. Власть султанских наместников была достаточно сильна и авторитетна. Но то обстоятельство, что Османская империя к концу этого столетия начала постепенно вползать в полосу кризиса, сказалось и на состоянии дел в наиболее отдаленной и богатой провинции, Египте. С 1586 г. начинается целая серия вооруженных выступлений турецких частей, которые требовали то повышения жалования, то его своевременной выплаты.
Политическая история мамлюков османского периода распадается на три основных части: первая — с 1517 г. по 1711 г.; вторая — с 1711 г. по 1798 г.; третья — с 1798 по 1811 г. Первый период, хотя и с некоторой натяжкой, действительно можно назвать османским, поскольку в это время в Каире доминировали турецкие паши. Второй период уже получил в историографии наименование мамлюкского эмирата или бейликата. Он характеризуется полным игнорированием султанского сюзеренитета над Египтом. Третий период продолжил в этом отношении предыдущий, но одновременно он характеризуется полным упадком мамлюкской системы.
За небольшим исключением, мамлюкские беи второй половины XVI‑ro — начала XIX в. были кавказского происхождения. Среди них решающую роль играли, как и прежде, черкесы. Численность абазов и мингрелов, в сравнении с предыдущим периодом, значительно увеличилась. Это обстоятельство отмечает французский исследователь Анри Деэрэн во введении к пятому тому «Истории египетской нации». К середине XVIII в. черкесских беев от общего числа представителей мамлюкской верхушки было не более половины, тогда как до середины XVII в. черкесы составляли еще подавляющее большинство среди мамлюков.
Тем не менее, местное население не сменило своих представлений об этнической принадлежности управлявших им чужеземцев и продолжало, согласно многовековой традиции, называть их черкесами. С другой стороны, это объясняется и тем обстоятельством, что Черкесия поставляла в этот регион столько невольников, что число их было, как правило, не меньше, чем число невольников, поставлявшихся всеми остальными областями Кавказа. Численное преобладание представителей этого этноса приводило к отождествлению с ними остальных мамлюков, в том числе и некавказского происхождения.
Кроме того, необходимо отметить, что один из османских корпусов в Египте, «джамаат аль — джеракис», в XVII‑XVIII вв. по — прежнему формировался исключительно из черкесов. В этом нас убеждают данные хроники ал — Джабарти и компетентное высказывание П. М. Хольта — автора большого числа научных работ по истории Египта XVI‑XVIII вв. Предпочтение, которое оказывалось черкесским невольникам и наемникам, определялось их высочайшей репутацией в военной сфере. Эвлия Челеби, восхищенный отвагой крымской конницы, был ввергнут в крайнее замешательство, увидев с какой бесцеремонностью расправляются с этими «рыцарями ислама» черкесы. О них он написал коротко и понятно: «Они вступают в бой как бешеные медведи». Турецкий путешественник побывал в гостях у черкесов Тамани, где отметил любопытный обычай: «Прежде чем приступить к еде, выставляют деревянные столы и зажигают восковую свечу. Каждый, поклонившись восковой свече, произносит один раз: «Дану, дану мамелук!», потом приступают к еде. После еды, также обратившись к свече, убирают стол. Это странное зрелище». Если любознательный путешественник не дал в своей книге объяснения этому действительно странному обычаю, то можно сделать вывод, что сами таманские черкесы происхождение обряда уже не помнили.