Утешением могло служить лишь то, что Леонардо непрерывно пополнял свой интеллектуальный багаж, продолжал научные наблюдения, служившие основой его концептуальных выводов. Действительно, что представляла бы собой «Тайная вечеря» без его размышлений о движении души и без его теорий относительно распространения звука и рассеивания света? Помимо своей «официальной», видимой для всех деятельности Леонардо продолжал серьезную мыслительную работу, размышлял о природе искусства, о теории перспективы, о путях развития живописи, о полетах человека…
В монастыре Санта-Мария делле Грацие Леонардо написал не одну только «Тайную вечерю». Согласившись с предложенным ему в 1495 году званием «придворного декоратора», он декорировал три люнеты, расположенные поверх его главного произведения. Он нарисовал там гербы рода Сфорца, украшенные фруктами, растениями и надписями, прославляющими представителей этого рода. На другой стене трапезной Леонардо изобразил всех членов герцогской семьи во главе с Лодовико Моро, коленопреклоненно предающихся молитве. Никогда еще не представляли их такими красивыми, и Леонардо заметно вырос в их глазах!
Одна из тем, которыми он увлекался в те годы, касалась символических форм – плетеных узоров, узлов, изогнутых, взаимно проникающих линий, которые находили свое воплощение в изображениях змей, буклей, прядей волос, искривленных волют, вьющихся растений, вихревых движений воды в реках и бурных потоках, встретившейся с препятствием на своем пути… Он видел перекличку и соответствие во всех этих вещах.
Из всех декоративных находок Леонардо наиболее оригинальной, даже поразительной является та, которую можно видеть в большом зале дворца Сфорца – ла Сала делле Ассе. Примененные здесь решения предвосхищают маньеризм и концепцию искусственной природы: мощные корни выступают между скал, стволы деревьев, высотой не уступающие колоннам, с которыми они искусно перемежаются, устремляются к сводам зала, целиком покрытым плетеными узорами, кои образуют ветви деревьев и листва. Поразительное произведение, которое, увы, также пало жертвой времени по причине неудачно примененных Леонардо живописных техник.
Однако ничто, даже гений Леонардо, не могло скрыть обреченность политического режима, стоявшего на краю пропасти. Лодовико Моро приближал собственную гибель бесконечной чередой празднеств, поглощавших последние средства герцогства. Обратив свой взор в пустоту, погрузившись в пучину доходивших со всех сторон слухов, герцог вслушивался в смутное эхо судьбы, не постигая его смысла. Все повторяли одно и то же: «Французские армии готовятся к новому вторжению на Апеннинский полуостров, намереваясь овладеть Неаполем, Венецией, Миланом» (слова из записных книжек Леонардо). В этой обстановке конца правления Лодовико Моро последняя официальная поездка Леонардо, предпринятая в Геную, символическим образом прозвучала похоронным звоном дому Сфорца.