Инициатива реформ переходит к папству, которое после смерти Генриха III и во время малолетства Генриха IV начало предпринимать осторожные попытки распространить требования «церковной свободы» на взаимоотношения папы и императора. Так, декрет 1059 г. папы Николая II регламентировал процедуру папских выборов, отнеся их к компетенции исключительно кардиналов: семеро кардиналов и 28 кардиналов-священников главных римско-католических церквей отныне избирали папу независимо ни от римской знати («народа»), ни от воли императора. Впервые прозвучало требование запретить мирянам назначать на должность клириков, будь то за вознаграждение или бескорыстно, иными словами понятие «симонии» распространялось на всякое вмешательство мирян в дела церкви. Немецких епископов вызывали в Рим отвечать за случаи симонии в их диоцезах, им предписывалось применять строгие меры для искоренения этого порока, а также браков священников. В Германии, а особенно во Франции, где посты ленных князей и епископов часто совмещались, возбужденный епископат всемерно пытался противиться административной власти римской курии.
С избранием монаха Гильдебранда на папский престол под именем Григория VII (1073-1085) реформа вступила в решительную фазу. Понтифик запретил под угрозой отлучения принимать святые таинства из рук женатых священников, а также тех, кто приобрел свой сан за деньги; таким образом, к поддержке прежних дисциплинарных установлений церкви привлекались и миряне. Носителям духовного сана не дозволялось становиться вассалами мирян. Но Григорий VII не ограничился борьбой за очищение церкви от симонии и браков священников. Он впервые поставил под сомнение всеобщую непоколебимую убежденность в единстве светской и духовной власти, высказав претензию на духовное руководство христианским миром. Так далеко не заходил еще никто, поэтому движение, которое было начато не этим понтификом, получило имя «Григорианской реформы».
Новую концепцию папской власти можно найти в «Диктате папы», содержащем 27 утверждений. Этот текст никогда не имел силы официального документа, скорее речь шла о выписках из «Псевдоисидоровых декреталий», но он в концентрированном виде содержит обоснование папского приоритета. Главным аргументом здесь выступала обновленная Петром Дамиани идея миссии папы в качестве наследника апостола Петра и потому высшего арбитра христианского мира. Король, которому запрещалась инвеститура епископов, становился всего лишь мирянином; не он, а папа объявлялся «викарием Христа» на земле, уполномоченным низлагать того, кто пренебрегает христианским долгом, будь то король или епископ. Реализация этой доктрины была возложена на папских полномочных посланцев - легатов, имеющих право смещать любого епископа.