Францисканцы стали опорой церкви наряду со вторым основанным в начале XIII в. нищенствующим орденом - доминиканцами. Оба ордена выполняли важнейшие из стоявших перед церковной организацией задач и оставили заметный след в духовной, культурной и политической истории Европы. Их представители ревностно следили друг за другом и конкурировали во многих областях. Францисканцы участвовали в деятельности инквизиции, из их среды вышли выдающиеся проповедники, например св. Антоний Паду-анский, они основали свои миссии на окраинах Европы и в нехристианских странах (еще св. Франциск отправлялся проповедовать среди мусульман), знаменитые путешественники-францисканцы середины XIII в. Джованни Плано Карпини и Гийом де Рубрук оставили свои описания истории и быта монголов. Во второй половине XIII в. францисканцы стали соперничать с доминиканцами на поприще образования, руководя кафедрами богословия в крупнейших университетах: Париже, Болонье и Оксфорде. Они дали миру таких знаменитых средневековых ученых, как св. Бонавентура, Иоанн Дунс Скот, Роджер Бэкон и Уильям Оккам.
При первых преемниках Франциска подверглась упорядочению организация ордена; его возглавлял генерал, провинциями руководили министры-провинциалы, отдельными общинами, имевшими свои обители - братья-ку-стоды; высшим органом являлся генеральный капитул, съезд провинциалов и представителей общин. В это время в связи с расширением мирских забот францисканцев в ордене наметилось два течения, различавшихся своим отношением к уставу.
В 1221 г. св. Франциск принял второй устав (Regola non bollata не подтвержденный буллой), а в 1223 г. буллой папы Гонория III был утвержден окончательный устав (Regola bollata). Течение так называемых «конвентуа-лов» придерживалось именно последнего, менее строгого варианта устава, отдавая предпочтение жизни в монастыре и компромиссному использованию материальных средств, получаемых общинами и братьями. Их противники, «ревнители», требовали строгого и буквального исполнения первоначальных заветов св. Франциска жизни в полной бедности за счет милостыни.
Это течение было осуждено в 1260 г. на генеральном капитуле в Нарбон-не, возглавленном св. Бонавентурой. В принятой капитулом Нарбоннской конституции одобрялось создание больших монастырских общин, подчиняющихся не местным епископам, а непосредственно ордену; подчеркивалось значение науки и обучения и, соответственно, приветствовалось участие францисканцев в преподавании в школах и университетах. В деятельности нищенствующих орденов находили свое выражение в конечном счете та же тяга к идеалу и те же завышенные требования к социальной организации, что проявлялись и в ересях. Церковь одобряла деятельность орденов именно потому, что это давало возможность сглаживать противоречия, но в наиболее радикальных всплесках движения она усматривала скрытую угрозу для себя как института власти. Поэтому папы XIII-XIV вв. давали орденам привилегии, смягчающие аскетические строгости уставов и облегчающие их мирскую деятельность. После Нарбоннского капитула в среде францисканцев оформилось течение «спиритуалов», не признававших большинство таких привилегий. Деятельность спиритуалов не получила поддержки Рима, который даже отлучал их от церкви. Папа Иоанн XXII признал утверждение о том, что у Христа и его учеников не было имущества, ересью. На стороне спиритуалов стояли известные выходцы из Парижского университета Уильям Оккам и Марсилий Падуанский. Разносторонняя активность францисканцев в миру и ослабление дисциплины привели в первой половине XIV в. к кризису, ответом на который стало движение так называемых «обсервантов» (соблюдающих устав). Обсерванты создали собственные монастыри и провинции и стали самостоятельной ветвью ордена.