Император Годайго и установление двоецарствия
Энергичный и целеустремленный император Годайго (1318-1331. 1333 1339) начал борьбу против контроля бакуфу за возвращение политической власти непосредственно императору (отмену системы инсэй, а, следовательно, и раннего отречения императоров). Отрекшийся император Гоуда в 1321 г. передал свои права Годайго, что усилило его позиции в борьбе против бакуфу. Одной из мер Годайго, направленных на укрепление экономических позиций императорского дома, было предпринятое впервые в 1322 г. введение налога с изготовителей сакэ в столице.
Идеалом Годайго было правление императора Дайго (конец IX начало X в.), укреплявшего систему рицурё, который в конфуцианских традициях окружил себя просвещенными и талантливыми высшими чиновниками, а также сумевшего править без соправителей-регентов из рода Фудзивара. Следуя его примеру Годайго собрал при дворе образованных людей и начал готовить заговоры против власти бакуфу.
Правительство Камакура было на тот момент ослаблено внутренней борьбой за власть (с 1326 г. пост «сиккэн» не был занят), а также неспособностью бакуфу контролировать ситуацию в стране, которую наводнили отряды разбойников и бродяг, а также не желавших подчиняться местным властям в сёэн вооруженных отрядов мелких и средних землевладельцев (акуто).
Основными сторонниками Годайго стали самурайские семьи, недовольные правлением Ходзё, в том числе «акуто», а также буддийские школы, прежде всего Тэндай, во главе которой стоял сын Годайго Моринага. Два первых заговора против бакуфу оказались неудачными, в 1331 г. Годайго был вынужден бежать из столицы, но его схватили и отправили в ссылку. Тем не менее верный своим политическим идеалам император, несмотря на давление бакуфу, отказался отречься. Правительство, в свою очередь, возвело на трон императора Когона, происходившего из другой ветви императорского дома.
Во время ссылки Годайго принц Моринага активно собирал на свою сторону недовольных представителей «военных домов» по всей Японии. Благодаря их поддержке Годайго смог в 1333 г. вернуться из ссылки, а после перехода на его сторону Асикага Такаудзи, командовавшего войсками, посланными бакуфу против сторонников императора, сумел захватить столицу и контроль над большей частью страны. Император Когон отрекся, и власть полностью оказалась в руках Годайго.
Годайго попытался провести ряд реформ, в том числе восстановить действовавшие в эпоху Хэйан институты управления и, ликвидировав систему сёэн, вернуться к существовавшей до нее надельной системе. Тем не менее политика Годайго по отношению к поддержавшим его в борьбе против Ходзё самураям и военачальникам не отличалась достаточной продуманностью, так как большинство из них не получило желаемых наград и титулов. Асикага Такаудзи, сыгравший ведущую роль в свержении Ходзё, не был назначен сэйш тайсёгуном (титул был дарован императорским принцам, в том числе Моринага), хотя в отличие от многих других получил пост сюго в нескольких провинциях, а восточную провинцию Мусаси - в реальное управление, и многочисленные земельные владения.