Воспользовавшись попыткой Ходзё организовать восстание и вернуть себе власть в 1335 г., род Асикага смог устранить рассматриваемого в качестве основного соперника принца Моринага, а также перебраться в Камакура, которую вновь принялись отстраивать. Такаудзи присвоил себе титул сегуна и начал раздавать вассалам конфискуемые владения противников, после чего Годайго объявил его вне закона. Асикага начали борьбу за столицу, пообещав своим основным сторонникам в качестве награды целые провинции. В 1336 г. Такаудзи смог закрепиться в столице и сделал императором брата отрекшегося Когона - Комё, а Годайго с многочисленными придворными отступил на юг в Ёсино.
С этого момента начался полувековой период сосуществования и проходившей с переменным успехом борьбы северного и южного дворов. В 1338 г. Такаудзи получил от императора Комё желанный титул сэйи тайсёгуна. Таким образом, появился сёгунат Асикага (известный также по названию района Киото, где располагалась резиденция Асикага, как сёгунат Муромати). В отличие от сёгуната Минамото, для второго бакуфу не была характерна система сиккэн и власть принадлежала сегунам, опиравшимся на военных, в первую очередь - вассалов-самураев. Аристократия предыдущего периода была в значительной степени уничтожена в ходе войн XIV в. и перестала представлять собой значимую политическую силу.
Сосуществуя с южным двором, сёгунат Асикага в течение длительного времени контролировал лишь отдельные части страны. В 50-е годы XIV в. противостояние севера и юга обострилось, чему способствовал раскол и борьба за власть в лагере Асикага; столица в этот период многократно переходила из рук в руки, а кланы самураев - с одной стороны на другую. И до этого несколько поблекшая (в том числе из-за пожаров) столица, в которой свыше 100 лет не могли произвести ремонт императорского дворца, в 50-е годы того же века была почти полностью разрушена.
СЁГУНАТ АСИКАГА
Тем не менее в начале 70-х годов XIV в. правительство бакуфу смогло подчинить своей власти последние из поддерживавших южный двор земель, а в 1392 г. произошло воссоединение императорского дома. Вместе с тем, власти сёгунов Асикага было в значительной степени номинальным, так как в ходе войн они раздавали своим сторонникам крупные владения, и большая часть провинций оказалась под фактическим контролем все более усиливавшихся самурайских кланов, становившихся сюго (Ямано, управлявшие шестой частью страны, Симадзу, Сёни, Отомо, Оути, Хосокава и др.).
В конце XIV - начале XV в. третий сёгун Асикага Ёсимицу (сёгун с 1368 по 1394 гг., сохранивший политическую власть и после отречения до самой смерти в 1408 г.) провел эффективные действия, направленные на ослабление власти могущественных провинциальных родов. Пользуясь их соперничеством, сёгун смог поставить под контроль бакуфу практически всю страну. Во время правления Ёсимицу были восстановлены активные дипломатические и торговые отношения с Китаем. Сёгун даже получил от императора Чжу Ди (Юнлэ) титул вана, принятие которого означало признание вассальной зависимости от Китая, в чем Есимицу, в отличие от большинства других правителей Японии, не видел ничего предосудительного.