Согласно книге «Дай Ниппон Бугэй Рю Ха», существует несколько линий истории Кото-рю. Имеется также и список Великих Мастеров школы, который мы приведем ниже. Конечно, многие известные самураи и ниндзя тренировались в технике Кото-рю. К примеру, известный ниндзя Исикава Гоэмон, изучавший нинпо у своего хозяина, Момоти Сандаю. Гоэмон лучше всего ассоциируется в памяти японского народа с образом народного мстителя, эдакого японского Робин Гуда.
Гоэмон также известен как тот, кто якобы убил известного лидера Хидэйоси, но это не доказано. Согласно популярной легенде, он был сварен живьем в кипящем масле, но другие кудэн говорят, что он сумел избежать этой участи.
Технику, ставшую впоследствии техникой Кото-рю коппо-дзюцу, реорганизовал в систему Сакагами Таро Кунисигэ в 1542 г. Человек, который стал вторым Великим Мастером школы, Бандо Котаро Минамото Масасигэ, был убит в сражении спустя несколько лет.
История Кото-рю говорит о том, что техника школы передавалась от Бусё далее несколькими поколениями, прежде чем попала в руки Сакагами Таро Кунисигэ где-то в середине XVI века. Он считается официальным «отцом-основателем» школы (школа была окончательно оформлена при Тода Сакио Исинсай, четвёртом сокё школы).
Когда школа попала к Соугёкко Кан Рисудзи, ее передача стала вестись параллельно с Гёкко-рю коси-дзюцу, так как Соугёкко был также сокё Гёкко-рю.
От него система попала к известному лидеру ниндзя Момоти Сандаю, который стал сокё Кото-рю и Гёкко-рю. Рю оставалась в семье Момоти несколько поколений, после чего перешла к семье Тода. Тода Сэйрю Нобуцуна был первым Великим Мастером Кото-рю из семьи Тода.
Он возглавлял школу с 1624 по 1644 годы.
По общераспространенному мнению, ниндзя использовали в своем рукопашном бою несколько десятков смертельных точек «внешнего характера» (сикэцу или саккацу), позволявших мгновенно убить или отключить противника. Наиболее популярными были места, воздействие на которые не вызывало видимых повреждений, но было летальным. Вот краткий список таких точек:
Название — Местоположение — Последствия поражения
Я мэн — Задняя сторона шеи — Перелом шейных позвонков, повреждение спинного мозга и позвоночной артерии — смерть
Ванку — За ухом — Кровоизлияние в мозг — смерть
Касуми — Висок — Разрыв средней мозговой артерии — смерть
Рэн сэн — Гортань — Рефлекторная остановка сердца, перелом щитовидного хряща, повреждение каротидной артерии с кровотечением — смерть
Хитю — Межключичная ямка — Травма дыхательного горла и трахеи, потеря сознания и смерть от удушья