Привилегия назначения членов Синода, так же как и прочих коллегий, принадлежала только царю. Таким образом Петру удалось подчинить церковь светской власти.
ВОПРОС О ПРЕСТОЛОНАСЛЕДИИ
По возвращении из-за границы в 1698 году Петр отослал свою нелюбимую жену Евдокию (Лопухину) в монастырь.
Уже в 1703 или 1704 году он оказывал знаки внимания молодой пленнице из Лифляндии, которой суждено было стать впоследствии императрицей Екатериной Алексеевной.
Петр обвенчался с ней в 1712 году, а в 1724 году торжественно короновал ее в Москве императорской короной.
От первой жены у Петра родился (в 1690 году) сын Алексей. Вторая жена дала ему дочерей Анну и Елизавету и сыновей Петра и Павла, но оба мальчика умерли в раннем детстве.
Царевич Алексей, по своему характеру, по своим взглядам, вкусам и интересам был полной противоположностью огцу. Он любил московскую старину, любил чтение церковных книг, любил тихую, спокойную жизнь. Он вовсе не любил военного дела и лишь нехотя, по принуждению, помогал отцу в его трудах и заботах.
В 1711 году отец женил его на принцессе Софии Шарлотте Вольфенбюттельской.
Однако женитьба не изменила вкусов и настроения царевича, и отчуждение между отцом и сыном все больше возрастало. Пушкарев отмечает, что все противники петровых реформ смотрели на Алексея, как на свою надежду, как на будущего избавителя от несносного ига, наложенного на весь народ войнами и другими предприятиями Петра.
В 1715 году жена Алексея умерла вскоре после рождения сына (названного Петром). Петр Первый прислал суровое «объявление сыну моему» с угрозой лишить его наследства, если он не переменит «свой нрав». Алексей ответил отказом от престола.
На второе письмо, в котором отец требовал от сына «отменить свой нрав» или стать монахом, Алексей ответил: «желаю монашеского чина». Петр отложил решение вопроса, а Алексей в конце 1716 года бежал за границу и, приехав в Вену, просил защиты и покровительства у императора Карла VI. Он скрывался некоторое время сначала в Тироле, потом в Неаполе, но посланные Петра нашли его и убедили вернуться домой, обещая прощение.
В феврале 1718 года Петр издал манифест об отрешении («для пользы государственной») «непотребного» сына от наследия престола. «Понеже мы лучше чужаго достойного учиним наследником, нежели своего непотребного; ибо не могу такого наследника оставить, который бы растерял то, что чрез помощь Божью отец получил, н испроверг бы славу и честь народа российского, для которого я здоровье свое истратил, не жалея в некоторых случаях и живота своего».