Наследником был объявлен малолетний сын Петра — царевич Петр. Следствие по делу о бегстве царевича и его пребывании за границей открыло его «злые умыслы» против отца и Петр предал сына суду, который приговорил его к смертной казни.
Подвергнутый жестокой пытке, Алексей умер в Петропавловской крепости, не дождавшись казни.
Вот что пишет Антон Карташев в своих «Очерках по истории русской церкви»(русское издание — М., 1991 г.): «...Заговорщики мечтали об освобождении насильственно постриженной жены Петра, Евдокии Лопухиной, в момент воцарения Алексея Петровича. Когда Алексей каялся своему духовному отцу протопопу Якову Игнатову, о том, что он желает смерти своему отцу, духовник сочувственно ему говорил: «Мы все желаем ему смерти».
В заговоре было много лиц: и ростовский митрополит Досифей и духовник царицы Евдокии, Федор Пустынный, п их полутайный «публицист» и агитатор, юродивый Ми-хайло Босой. Все ждали близкой смерти Петра.
Сам царевич Алексей пока под благовидным предлогом
убежал за границу, но оттуда с еще большей хитростью был выманен Петром обратно и затем осужден и казнен. Переписка Алексея с русскими архиереями безжалостно выдала последних тоже на беспощадный суд разъяренному царю.
Алексей переписывался с Досифеем, митрополитом Ростовским, с Игнатием Смолой, митрополитом Крутицким и с Иоасафом Краковским, митрополитом Киевским, и так формулировал свой план использования церковного авторитета: «Когда будет мне время без батюшки (а Петр в тот момент собирался за границу), тогда я шепну архиереям, архиереи приходским священникам, а священники прихожанам, тогда они и нехотя меня владетелем учинят».
Петр, конечно, подозревал широкое сочувствие епископата замыслам царевича Алексея... Досифей Ростовский говорил прямо на соборном суде: «Только я один попался... Посмотрите и у всех что на уме; извольте пустить уши и в народ, что в народе говорят?». Митрополит Киевский Ио-асаф умер от волнения по дороге в Москву.
Лишенные собором сана и отданные на суд гражданской власти митрополит Досифей и протопоп Яков Игнатьев и Федор Пустынный были казнены. Игнатий Смола, ввиду своей старости, был пощажен и изгнан на покой...»
В 1722 году Петр издал «устав о наследии престола», предоставлявший царствовавшему императору право произвольного назначения наследника.
Решение вопроса о престолонаследии представлялось, однако, в конце жизни Петра, исключительно трудным. У него были жена и две взрослые дочери, из них одна, Анна, была обручена с герцогом Голштинским; малолетний внук (сын несчастного царевича Алексея) и две племянницы (дочери царя Ивана) Анна и Екатерина, выданные замуж за немецких герцогов Курляндского и Мекленбургского.