Сдавленный оборонительными линиями и пикетами, преследуемый казачьими отрядами Кенесары Касимов со своими людьми уходит в Кокандские владения.
В 1847 Кенесары приходит закономерный конец; в ущелье Май-тау близ Токмака он вместе со своими воинами изрублен каракиргизской конницей — каракиргизы отомстили ему за причиненные разорения. Его сын султан Джафар пытался разбойничать в Акмолинской области, но в 1851 был схвачен в Актау и сослан в Березов.
В 1845–1847 роды Большой киргиз-кайсацкой орды повторно принимают российское подданство.[227] На этот раз это будет не только де-юре, на них распространено действие «Устава о сибирских киргизах».
В 1826 принял русское подданство первый из султанов восточнотуркестанской Семиреченской области — Ааблайханов.[228]
Путешественник и дипломатический агент императора Е. Ковалевский изучил в восточном Туркестане Заилийский край. А в начале сороковых годов в министерстве финансов обсуждалась идея об открытии чайной торговли с Китаем через Семипалатинск, но было признано, что ситуации в Семиречье, где промышляют степные разбойники, препятствует налаживанию торгового обмена. С этого времени обычно осторожный Нессельроде начинает поддерживать идею о занятии юго-восточной окраины киргиз-кайсацких степей.
Вскоре в Семиречье основаны Атбасарская и Алатауская казачьи станицы, затем Копальское укрепление, на р. Копалке у западного отрога Алатауского хребта.
В 1851 г. по пути в Кашгар, на российско-китайские переговоры, Ковалевский снова исследовал Семиреченскую область: район озера Балхаш, долины рр. Аягуз, Лепсы, Аксу, Карпатал. Заключенный с китайцами Кульджинский трактат по сути легализовал русскую колонизацию Семиреченской области и Заилийского края.[229]
Возникает Семиреченское казачье войско, растут как грибы русские поселения в Заилийской крае. В 1854 г., для защиты киргизов-кайсаков Большой орды от нападения каракиргизов и кокандцев, создано укрепление Верное у подножия Заилийского Алатау, на р. Алматы. В это время в предгорьях Тянь-Шаня уже существует около 60 русских поселений, половина крестьянских, половина казачьих.
Императорским указом от 19 мая 1854 г. в южносибирской степи образовано две области: Семипалатинская с центром в Семипалатинске и область Сибирских киргизов с центром в Омске, в которую включались округа Кокчетавский, Кушмурунский. Акмолинский, Барнаульский и Каркалинский.
Система управления киргиз-кайсаками в западно-сибирском генерал-губернаторстве оказалась настолько успешна, что киргиз-кайсаки Каратау, подвластные Кокандскому ханству, стали обращаться к генерал-губернатору с просьбой прислать к ним войско для защиты от кокандцев и принять их в российское подданство.