Степанов, отправившись вниз по Амуру, вошел в Сунгари, где взял крупный маньчжурский город Нингута (совр. Ниньянь). В 1658 г. казацкий Кортес, нарушив запрет воеводы Пашкова, снова пошел в Маньчжурию и сгинул на Сунгари вместе со своим отрядом.
С 1650 по 1689 гг. вся река Амур находилась во владении России. Племена, жившие по ее левому берегу, давали русским ясак. От Албазина, стоявшего в 180 верстах от верховьев Амура, проложена была сухопутная дорога до Удского острога.
На карте, напечатанной во времена Алексея Михайловича, Амур показан границей России на Дальнем Востоке. От устья Сунгари пограничная линия отклонялась к юго-востоку, захватывая часть современной китайской территории и нынешнего Приморского края.
В 1684 г. было создано албазинское воеводство, ведавшее собственно Амурским краем, однако внешнеполитическая ситуация к этому времени серьезно ухудшилось. Маньчжуры, завершив покорение Китай (последним был завоеван о-в Тайвань, при помощи голландского флота), всерьез занялись русскими в Приамурье. 15-ти тысячное маньчжурское войско, имевшее 200 орудий, бомбардировало и и взяло Албазин, где было только 450 человек гарнизона при большом недостатке пороха. На следующий год русские во главе с полковником фон Бейтоном и алабазинским воеводой Толбузиным отбили и восстановили городок. В 1687–1688 гг. маньчжуро-китайское войско осаждало Албазин, но ушло, потеряв половину личного состава.
В 1689 г. в Нерчинске начались переговоры с дипломатами, присланными маньчжуро-китайской империей Цин. В качестве переводчиков и, возможно, советников по русским делам, у цинских переговорщиков было два иезуита, Жербильон и Перейра.
Цинские дипломаты прибыли в Нерчинск, что говорится, не с пустыми руками. Захватили они с собой и 10-ти тысячное войско, грозя, в случае неудовольствия, немедленно захватить город и возмутить нерчинских бурят-буддистов. Окольничий Ф. Головин, возглавлявший русскую делегацию, хоть и заявлял протесты, но поддавался на угрозы. В Забайкалье и так уже было неспокойно из-за монгольских набегов, а у нерчинского воеводы имелось под началом только 500 казаков.
Сперва цинские дипломаты требовали провести новую границу от реки Горбицы до истоков р. Уда и далее на север, к «чукотскому носу» по вершинам гор, огибающих Охотское море, забирая себе всё побережье этого моря. Эти требования Головин не принял, поэтому маньчжуро-китайцы, сообразив, что они ничего не знают о северных горах и Чукотском носе, умерили свои аппетиты.
В итоге, граница между Россией и империей Цин была не столько кардинально передвинута к северу и стала проходить от верховьев р. Горбицы, по Шилке, Аруге, вдоль вершин Станового хребта до верховьев р. Уды.