В 1947 года С.С. Бронштейн составил проект реставрации сада. Актом от 17 января 1951 года установлено, что здание, эксплуатируемое 10-м Главным управлением Министерства судостроительной промышленности СССР, находится в неудовлетворительном состоянии со стороны пожарной безопасности. Кроме того, протечки наблюдались в зале Гюбера Робера и Арабесковой гостиной, ибо над ними, на третьем этаже, находились 25 квартир с 13 кухнями. К 1952 году относится обследование плафона Большого зала О.Ю. Педаясом. Реставрация главного живописного шедевра дворца и самого интерьера состоялась только в 1954 году. Годом ранее мастера занимались Арабесковой гостиной, где воссоздали утраченные панели и Угловой зал.
В 1955 году здание сдали в аренду 6-му управлению Государственного комитета по судостроению. Конструкторскому бюро этого учреждения, занявшему первый этаж, для соблюдения секретности пришлось установить металлические ставни на окна. Город готовился к празднованию 250-летия Ленинграда. Из-за смерти И.В. Сталина в марте 1953 годы юбилей отмечали только в 1957 году. К этому моменту, впервые после 1935 года отреставрировали фасад Строгоновского дворца. О восстановлении его интерьеров еще не задумывались, хотя ностальгия по былому имперскому облику Петербурга существовала. В 1960-е годы Ленинград справедливо назвали великим городом с областной судьбой. В 1966 году началась реставрация Меншиковского дворца — первый опыт восстановления прежнего частного владения, превращенного в музей. Десять лет спустя пришла, казалось, очередь Строгоновского.
В конце 1960-х годов управление Министерства судостроительной промышленности оставило Строгоновский дворец и переехало в Москву. С 1970 года дворец занимало Ленинградское предприятие «Эра» того же министерства, учреждение под названием «Морэлектрорадиокомплект и Центральный научно-исследовательский институт судовой электротехники и технологии». Здесь все еще оставалась государственная инспекция по карантину растений, а также жилые квартиры. 27 октября 1975 года Исполком Ленсовета принял решение № 779 «О восстановлении Строгоновского дворца с организацией в нем филиала Государственного Русского музея». По замыслу тогдашнего директора В.А. Пушкарева речь шла о размещении в здании экспозиции прикладного искусства.
10 марта 1976 года газета «Вечерний Ленинград» поспешила сообщить о том, что на Невском проспекте после реставрации Строгоновского дворца будет открыт новый музей. Предполагалось, что первые посетители войдут в здание 7 ноября того же года. Однако объемы реставрационных работ оценили не совсем правильно. Кроме того, всемогущий ВПК не торопился сдаваться и в том же 1967 году добился принятия постановления Ленсовета за № 801, разрешавшего пребывание арендаторов до завершения строительства для них нового корпуса.