Во время революции он предложил духовенству своего храма совершать крестные ходы и молиться о прекращении усобицы. В конце октября 1917 года Царское Село стало местом противостояния большевистской Красной гвардии и казачьих войск генерала Краснова, продолжавших поддерживать свергнутого главу Временного правительства А.Ф. Керенского. 30 октября во время артиллерийского обстрела Царского Села большевиками, отец Иоанн участвовал в крестном ходе с особыми молитвами о прекращении междоусобной брани, во время которого произнес проповедь, призывая народ к спокойствию.
31 октября отряды большевиков вступили в Царское Село и священников арестовали. Джон Рид в приложении к своей знаменитой книге сообщал: «Вечером, когда войска Керенского отступили из Царского Села, несколько священников организовали крестный ход по улицам, причем обращались к гражданам с речами и уговаривали их поддерживать законную власть, т. е. Временное правительство. Когда казаки очистили город и на улицах появились первые красногвардейцы, то, по рассказам очевидцев, священники стали возбуждать народ против Советов, произнося соответствующие речи на могиле Распутина, находящейся за императорским дворцом. Один из этих священников, отец Иоанн Кочуров, был арестован и расстрелян раздраженными красногвардейцами».
Княгиня Александра Николаевна вспоминает этот эпизод следующим образом: «Дома был один из сыновей 17 лет. Вдруг послышался громкий большевистский стук. Сын отворил дверь, ввалились солдаты, которые приказали отцу идти с ними. Он снял свой священнический крест, часы и цепочку, отдал все сыну и вышел вслед конвою. Сын следовал за ними поодаль… Его повели к Федоровскому собору и дальше за лесом велели ему идти вперед одному. Сын видел, как он перекрестился, поднял руки к небу, раздался залп и он упал на землю. Сын думал, что он убит, побежал обратно в город предупредить мать. Когда он ее нашел, она поспешила к другим священникам, чтобы дать им возможность скрыться…
Сын попытался пробраться обратно, но на месте убийства оставались солдаты. Вечером в темноте той дорогой, ничего не подозревая, проходила сестра милосердия, которая увидела солдат, подбоченивши стоявших над каким-то темным предметом. Когда же она приблизилась, то увидела, что это скорчившееся тело о. Кочурова, а солдат с гордостью ей сказал, что только что его прикончил. Он дал ему промучиться весь день с утра!».
Прощальная церемония княгине также запомнилась. «Большевики боялись, что будут торжественные похороны мученика и долго не разрешали похоронить его под Собором, а когда позволили, то объявили, что если соберется толпа, то по ней откроют огонь из броневика… Я собрала детей и сказала им об этой угрозе. Сама я этому не верила, но предложила детям свободно выбрать: идти или остаться. Они решили идти со мной. Мы отправились туда с утра. При подходе к собору мы увидели, что к нему со всех сторон стекается народ, а сама площадь была уже заполнена. Одновременно я заметила слева на дороге броневик, который стоял против Собора с северной стороны. Я надеялась, что дети его не видят. Было почти невозможно пробиться через густую толпу, заполнившую площадь и церковь… Все православное духовенство Царского [Села] было в полном составе, и крестный ход 3 раза медленно обошел собор при стройном пении „Святый Боже“, после чего гроб поставили в склеп под собором и толпа медленно разошлась». Стрельбы не было.