До начала реставрационных работ часто было невозможно понять, не только к какой школе, но и к какой эпохе принадлежит тот или иной фрагмент росписи. Виновата в этом разрушительная работа времени и предшествующая варварская реставрация. И речь идет не о поновлениях вековой давности: серьезный ущерб был нанесен росписям Эль-Муалляки уже в наше время. Реставрировать храм решили в 1999 году, к празднованию 2000-летия бегства Святого семейства в Египет. Здание укрепили, откачали грунтовые воды. На восстановление внутреннего убранства церкви был объявлен тендер. Свои проекты представили итальянские, польские, французские и русские реставраторы. Проект наших соотечественников был признан лучшим. Чтобы исправить последствия предыдущих неудачных реставраций, пришлось разрабатывать особую методику, требующую точности и быстроты реакции. Наши реставраторы, среди которых С. Иванов, А. Крол, Т. Митина, А. Мельниченко, М. Скутт, Е. Толмачева, возглавляемые кандидатом искусствознания, лауреатом премии митрополита Макария А. Горматюком, проявили виртуозность хирургов, одной рукой (тампон с разбавителем) снимая старый клей, а другой (тампон с нейтрализующим составом) — сохраняя живопись. Еще реставратор должен быть просто усидчив и аккуратен. Посмотрев, как работают русские специалисты и их египетские подручные, настоятель храма, абуна («отец» — так копты называют священнослужителей) Маркус, настоял на том, чтобы церковь была полностью отреставрирована русскими. В результате на сегодняшний день отреставрированы практически все шедевры храма — это и наиболее почитаемые иконы, и резная деревянная алтарная преграда-иконостас, и кафедра, и оклады, и мозаики, и даже менее ценные мраморные светильники, и потолок XIX века. Светильники, как и другие особо загрязненные каменные детали, чистили с помощью паровой пушки — агрегата, выбрасывающего мощную струю горячего пара. На электрической плитке подогревались до нужной температуры и консистенции различные химические составы — клей, разбавители и тому подобное. Вот и весь технический арсенал, использованный при реставрации, если не считать лесов. Остальные «инструменты» — глаза, голова и руки.
Если египтянам повезло с русскими реставраторами, то и реставраторам повезло с Египтом. В России работы такого уровня — отреставрировать целиком церковь, и не просто церковь, а национальную святыню — попадаются не часто. По сравнению с русскими памятниками того же времени коптские изучены гораздо меньше, и опыт работы с аналогичным материалом очень важен. Работы в Эль-Муалляке первоначально были частью большого международного научного проекта, начатого в 1999 году: его цель— составление свода коптских икон и их описание. Группа реставраторов во главе с сотрудником ВХНРЦ имени Грабаря Александром Горматюком, в которую входят более 20 человек, изъездила с экспедициями пол-Египта, описав 2 000 икон, из которых отобрали несколько нуждавшихся в срочной реставрации, некоторые — из Эль-Муалляки. Тогда-то в Высшем совете по древностям АРЕ оценили опыт российских ученых и пригласили их осуществлять работы в церкви.