Кивориев в церкви три — на двух живопись сохранилась плохо, третий же поражает прекрасным видом. Хотя и с ним пришлось поработать — снять позднейшие записи, заделать дыры. Киворий расписан в иконописной технике — темпера на дереве, купол обшит досками, сверху покрыт слоем пальмовой коры, из которой в Египте, кажется, делают все — от мебели до веревок, и только после этого загрунтован. В некоторых местах осталась даже оригинальная позолота.
Алексею Кленчеву, реставратору каменной скульптуры, восстанавливавшему древнюю мраморную кафедру, тоже пришлось столкнуться с дилеммой — пойти навстречу пожеланиям заказчика или сохранить историческую традицию. Священник церкви считает, что эту кафедру следует переместить в боковой неф для удобства совершения богослужений. Но по архивным документам видно, что она всегда была здесь. Поэтому реставраторы отказались ее передвигать. Кафедра-амвон — трибуна для проповедника, покоящаяся на пятнадцати колоннах (несмотря на неточное число, по преданию, колонны символизируют Христа и двенадцать апостолов, причем одна выполнена из более темного камня — так выделили Иуду) — самая старая в Египте. Один из фрагментов, рельеф с изображением раковины и креста (в раннем христианстве — символ Воскресения), относят как минимум к IX, а то и к VI веку, а сама конструкция с узкой крутой лестницей и инкрустациями из разноцветного камня, образующими характерный полосатый орнамент, восходит к XI веку. Эта кафедра послужила образцом для всех подобных сооружений в соседних церквях и повлияла на исламскую архитектуру. И действительно, минбар, возвышение для проповедников в мечетях, как будто «списан» с христианских прототипов.
А вот резные орнаменты деревянной трехчастной алтарной преграды, исполняющей и функции иконостаса — по верху идет ряд икон, — на первый взгляд кажутся чисто мусульманскими. Изображение креста «зашифровано» в сложных геометрических узорах — восьмигранных звездах. В церкви была и фигуративная деревянная резьба, но дерево — материал более хрупкий, чем камень, и от узоров мало что осталось. Знаменитый фриз V—VI веков, изображающий «Вход в Иерусалим», где ангелы осеняют Христа пальмовыми ветками, когда-то украшавший вход в храм, давно убрали в музей. Чудом уцелела деревянная панелька предположительно IX века величиной с ладонь. Несмотря на недостающие части, на ней можно разглядеть фигуру святого — сейчас эта драгоценная дощечка вмонтирована в оклад одной из икон.
Узоры иконостаса составлены из разных пород дерева. Это и сосна, и кедр, и орех, и красное, и черное дерево, а инкрустации сделаны из слоновой кости и перламутра, за счет чего достигался эффект своеобразного витража — тонкие пластины пропускают свет. На некоторых вставках можно различить крохотные рельефы с растительными мотивами и надписи на коптском и арабском языках. Со временем некоторые детали утрачивались, и на их место вставляли новые, по принципу мозаики. Светлана Медведева, корпевшая над алтарной преградой несколько месяцев, замечает, что чем древнее деталь, тем тоньше резьба. Ей немного обидно, что часть ее работы не видна — по коптской традиции Царские врата завешивают широким шелковым пологом, на котором в нашем случае вышит святой Георгий. Входя в церковь, верующие целуют полог. Есть и еще одна традиция — служащие вешают перед иконостасом страусиные яйца— символ верности, что как-то связано с древнеегипетской трактовкой страусиного пера — символа богини правды Маат. Но в Эль-Муалляке страусиные яйца нам увидеть не довелось.