Фасад церкви Санта Мария Новелла, апсида церкви Сантиссима Аннунциата и огромный дворец Питти все еще находились в лесах, по которым ученики могли прохаживаться и своими глазами наблюдать за ходом внутренних работ.
Что же касается учебников, то в распоряжении учеников их было несколько. Особой популярностью пользовалось «Руководство мастеру», написанное Ченнино Ченнини в 1390 году. Оно было почти полностью посвящено выработке навыков и представляло собой что-то вроде свода практических советов, которым ученик должен был следовать. И только во вводной главе содержался материал по общим вопросам искусства, глубоко запечатлевшийся в памяти Леонардо. Годы спустя он воспроизвел его в собственных трактатах: «Этот род деятельности, известный под названием живопись, требует воображения и мастерства кисти, так как призван открывать невидимое, спрятанное в тени видимых предметов, и запечатлевать его с помощью кисти, придавая ясный вид на самом деле не существующему». В подзаголовке к первой главе Ченнини излагает краткое содержание своей книги: «Как рисовать на разного рода поверхностях; как получить множество оттенков черного цвета; как следует хранить горностаевы хвосты (используемые для изготовления кистей), чтобы их не сожрали мыши». Много места он уделяет технике фрески, объясняя художнику, что тот должен смочить и отштукатурить ровно такую площадь на поверхности стены, какую он намеревается разрисовать за день, так как на следующий день он уже не сможет внести в нарисованное никаких изменений. Именно это ограничение заставило Леонардо заняться поисками новых методов настенной живописи: он вдохновлялся самим актом творчества, и ему казалось непереносимым, что он не может вносить изменений в свою живопись, когда хочет. Его позднейшие эксперименты чаще всего приводили к потрясающим результатам, но иногда становились гибельными для картин.
За пятьдесят лет до Леонардо архитектор Филиппо Брунеллески разработал революционные принципы линейной перспективы, благодаря которым пространство, ограниченное живописным полотном или рельефом, могло визуально растягиваться до размеров реального. После открытия Брунеллески, которое быстро переняли Донателло, Мазаччо и Гиберти, живопись не могла оставаться плоскостной и двумерной.
Ученый и архитектор Леон Баттиста Альберти осмыслил идеи Брунеллески на научном уровне и написал трактаты по живописи, скульптуре и архитектуре, с которыми Леонардо наверняка должен был познакомиться. Именно Альберти высказал мысль о том, что, кроме необходимого технического мастерства, современный художник должен обладать также познаниями в геометрии, оптике и перспективе; он должен понимать тайны человеческого тела, потому что «движения тела отражают движения души». Больше всего Альберти занимало соотношение между математикой и искусством. Он чувствовал, что во Вселенной существуют определенные пропорции, которые выражают божественный замысел. Не случайно Леонардо был, можно сказать, очарован математикой, использовал ее в своих живописных работах и долгие годы считал, что именно в ней содержится ключ ко всем знаниям.