Однако, стоило ему начать серьезную работу по оживлению городского "Отечества", как это тотчас было встречено в штыки другими руководителями города. Петр Прохоренко фактически расколол новороссийское отделение ОПД надвое, создав какое-то свое "Отечество" с неясными источниками финансирования. В городской же администрации вдруг началось перераспределение полномочий между заместителями мэра. И в преддверии принятия земельного кодекса Шейко был отстранен от ключевого земельного комитета. Кроме того, началась кампания по его дискредитации в местной прессе. Обвинений ему предъявлялось множество: от махинаций при выделении земельных участков — до насаждения стриптиза в городе. Ни одно из них документально не было подтверждено.
На сторонний взгляд — это типичная борьба амбиций, коридорные разборки. Но на самом деле все гораздо глубже — и напрямую связано с существенными и для жителей Новороссийска, и для его мэра, и для всего края интересами.
Сегодня главная проблема города — водоснабжение. В его основных массивах вода подается лишь на несколько часов в сутки. Не так давно новый губернатор края Ткачев взял эту проблему под личный контроль, гарантировав 50% финансирования из краевой казны на реконструкцию систем водоподачи. Но люди, знающие обстановку в городе, убеждены, что при нынешнем руководстве "Горводоканала" эта задача невыполнима. В 1998 году проводилась проверка финансово-хозяйственной деятельности указанной структуры. Результаты ее были глубоко законспирированы, лишь просочились слухи, что муниципальные средства использовались в "Водоканале" с фантастическими злоупотреблениями. Мэр Прохоренко тогда эту темную историю замял.
Зато на другом участке деятельности тайное сделалось явным. С 1996 года одним из заместителей Валерия Прохоренко работает Игорь Подколзин, который сейчас курирует самое денежное направление — руководство строительством, развитием и инвестиционной политикой городской администрации. Этот человек привлек к себе внимание мэра, когда еще в 1994 году возглавил проектно-строительное предприятие "Жилспецмонтаж", а его жена — "Маркетбанк". В 1994 году Новороссийску из федерального бюджета было выделено 4 млрд. 350 млн. неденоминированных рублей на строительство жилья семьям офицеров запаса. Деньги поступили на счет ПСП "Жилспецмонтаж" в "Маркетбанке". При их незамедлительном использовании можно было бы ввести в эксплуатацию около 5,5 тыс. кв. м жилья. Но лишь в конце 1998 года был построен жилой дом площадью около 2,5 тыс. кв. м. Компетентные люди полагают, что при этом ушло налево 884 тыс. долларов США.