Испанское правительство, в первую очередь, в 1499 г. отменило монополию Колумба на открытия новых земель, чем воспользовались некоторые из его прежних спутников. А в 1500 г. на Эспаньолу был отправлен (с неопределенными, но, по-видимому, неограниченными полномочиями) новый наместник, Бобадилья. Когда Бобадилья прибыл в Санто Доминго, в городе не было ни Христофора Колумба, ни его брата Бартоломе. Замещал их младший брат Диего Колумб. Бобадилья арестовал и заковал его в кандалы. Узнав об этом, Христофор Колумб объявил ко всеобщему сведению, что его полномочия сохраняют силу и что вряд ли кто вправе даже в будущем их отменить. Силе он хотел противопоставить право. Но когда ему передали королевское письмо, приказывающее подчиниться распоряжениям нового наместника, он без свиты вернулся в Санто Доминго.
Бобадилья приказал немедленно засадить Колумба в тюрьму и также заковать его в кандалы. По приказу Бобадильи, Колумб послал письмо своему брату Бартоломе с советом добровольно сдаться. Тот повиновался, также был арестован и закован в кандалы.
После двухмесячного следствия Бобадилья пришел к заключению, что Христофор Колумб был «человек жестокосердный и неспособный управлять страной» и решил в кандалах отправить его с братьями в Испанию. Адмирал, вероятно, ожидал, что его будут судить и казнят на Эспаньоле, и поэтому обрадовался, когда его посадили на корабль.
Хозяин судна и капитан предложили Колумбу снять с него кандалы, но адмирал отказался. Его сын Фернандо (или автор приписываемой ему биографии Христофора Колумба) передает его фразу: «Короли приказали мне повиноваться, и Бобадилья заковал меня в кандалы; я останусь в них до тех пор, пока короли не позволят снять их, и я сохраню эти цепи на память о своих заслугах».
В октябре 1500 г. корабли с тремя братьями в кандалах вошли в гавань Кадиса. Лас Касас сообщает, что лично видел в Севилье Христофора Колумба в цепях.
По-видимому, уже в самой Испании Колумб написал известное письмо влиятельной придворной даме, Хуане Торрес, кормилице инфанта (наследного принца) Хуана. Брат ее участвовал во второй экспедиции Колумба, сама она близка была к королеве. Письмо это представляет важный психологический документ, характеризующий Колумба. Оно написано было, несомненно, с целью растрогать Изабеллу, так как Колумб знал, что Хуана обязательно прочитает его королеве и будет комментировать в благоприятном для него духе. Оно полно жалоб; но много и довольно недвусмысленных упреков по адресу королевской четы. Вряд ли, впрочем, эти жалобы и упреки и христианское смирение в сочетании с библейским пафосом повлияли бы на таких людей, как «католические короли», если бы в судьбе самого Колумба не были заинтересованы очень влиятельные лица, финансировавшие его экспедиции. Они сумели «мобилизовать общественное мнение» в пользу разжалованного, уничтоженного и закованного в кандалы «адмирала моря-океана». По-видимому, до королевы дошли слухи о негодовании в андалусских городах по поводу того, что человек, открывший Западную Индию, вернулся в Испанию в кандалах. Король и королева приказали немедленно освободить Колумба, письменно выразили ему свое сочувствие, лицемерно негодовали против недостойного обращения с ним, приказали выдать ему две тысячи золотых, чтобы он мог явиться ко двору «в приличном виде».