Хивинский хан Хаджжим с ближайшими родственниками еще после первого завоевания Хорезма Абдуллой бежал сначала к туркменам, а затем в Иран, где и вынужден был находиться до самой смерти Абдулла-хана в начале 1598 года. Сын и преемник Абдуллы, Абд ал-Мумин, был убит своими подданными уже спустя шесть месяцев; и завоевания Абдуллы в Хорасане и Хорезме были потеряны; Ташкент, г. Туркестан (Ясы) и еще ряд присырдарьинсих городов и крепостей перешли в руки казахских владетелей, а в Мавераннахре власть перешла к другой династии — династии Аштарханидов.
Так смерть бухарского хана, Шибанида Абдуллы II, и последовавшие затем события вернули Хорезму самостоятельное политическое бытие.
После освобождения страны от бухарского ига в 1598 г. Хаджжим-хан оставил за собой г. Ургенч и Везир, а сыновьям своим и родичам раздал уделы: г. Хиву (Хивак) и Кят — Араб-Мухаммаду, Хазарасп — Исфандийару и т. д. Хорезмийские узбеки-дештцы, уведенные ханом Абдуллою в Мавераннахр, почти все вернулись в Хорезм. В 1600 году, когда старший сын Хаджжим-хана, Суйундж-султан, вернулся из Турции, куда он бежал во время похода Абдуллы на Хорезм, отец уступил ему Ургенч и Везир, а сам отправился в Хиву, к своему другому сыну Араб-Мухаммаду. Однако в следующем году Суйундж-султан умер.
Есть ряд источников, свидетельствующих о слабости ханской власти правителя Хорезма. Вот что пишет, к примеру, османский автор конца XVI в. Сейфи Челеби: «Хотя Хаджжим-хан и не достоин именоваться падишахом, но поскольку с его именем читается хутба (пятничные и праздничные молитвы. — Т. С.) и чеканятся монеты, то он числится ханом» [Сейфи Челеби, рук., л. 546].
Хаджжим-хан скончался в 1011/1602–1603 г., год Барса, на 84-м году жизни. Ханом Хорезма был провозглашен сын его Араб-Мухаммад-султан, который остался в Хиве. Его старший сын и преемник на престоле Исфандийар-хан (правил в 1623–1642 гг.) также жил в Хиве. Его младший брат Абу-л-Гази, сочинение которого является главным источником по истории Хивинского ханства XVI — первой половины XVII вв., в 1643 году был провозглашен ханом в Арале, а в 1645 г. занял г. Хиву. Так с начала XVII века и по начало XX столетия г. Хива оставался столичным городом ханства.
Абу-л-Гази-хан (правил в 1643–1663) был ханом-историком, ханом-реформатором и первым хорезмийским ханом из династии Шибанидов, который сумел не только примирить враждовавшие между собой отдельные группировки среди султанов и узбеков, но стал совершать набеги на Бухару и соседние земли.
Воцарившись в Хиве, Абу-л-Гази организовал вновь весь государственный аппарат: на различные государственные должности, по рассказу хиванского историка Муниса, он назначил 360 человек из числа узбекской знати, а «тридцати двум из них он дал место около себя». Узбекские племена он разделил на четыре части (